隨後江曉便展開了收海中的神奇寶貝，卻在島上遇見了一隻漂浮泡泡，江曉順手捕捉了。
在隨後江曉捕捉了一隻體型比同類還要大上幾分的吼吼鯨，江曉意外發現一隻海豹球同樣捕捉。
發現跳跳豬也捕捉，長翅鷗與溜溜糖球同樣捕捉隨後尋找到了一隻愛心魚一同捕捉在捕捉了這幾隻之後。
江曉出發前往三島三座島嶼有不同，很快江曉到達島上，在這裏遇見了小田卷博士。
幫忙一同調查，在這裏的神奇寶貝的不同，江曉先是來到了神奇寶貝中心將手中的神奇寶貝更換爲珍珠貝。
隨後來到第一個巖洞，在那裏面將珍珠貝放入水中，在等待中一直觀察結果珍珠貝進化爲獵斑魚。
江曉將手放入水中，一陣摸索之後果真找到了一枚深海之牙，第一個巖洞的祕密發現了。
很快江曉來到第二個巖洞，也將珍珠貝放入水中觀察着很快閃起了一道白光珍珠貝進化爲櫻花魚。
江曉在水中尋找發現了深海鱗片，隨後江曉將結果告訴小田卷博士，而後小智他們也來到了島上。
在調查了之後發現了很多的祕密，江曉做出了一個膽大的猜測，這深海之牙與深海鱗片出現了洞穴。
會不會是很早之前某隻神奇寶貝的洞穴，常年居住所遺留的鱗片，或者是源頭擁有很多的鱗片，隨着那一道水柱流了下來。
在一番猜測後得到的結論，隨後小田卷博士做了一個決定，留下來觀察而小智他們去趕忙搭船。
江曉無語的開着船離開了島，而後，江曉尋找了一座島訓練了一番神奇寶貝。
突然之間接收到聽雪樓消息，水艦隊與火巖隊又有了新的動作，火巖隊而這次赤焰松親自帶隊。
水艦隊也傳來了新的消息水梧桐，親自帶隊帶走了很多的水艦隊成員，看樣子是有大動作。
而這一消息讓江曉沒辦法平靜，趕忙尋找到了一神奇寶貝中心，連忙撥通了大木博士。
在撥通的那一瞬間，江曉非常嚴肅的對大木博士說，情況緊急更換神奇寶貝。
遠古快龍江曉現在還帶在身邊，江曉將洛奇亞，以及老鬼遠在噴火龍山谷島返祖的噴火龍與超夢也帶上。
其他的江曉都沒有帶，而江曉已經猜到了水艦隊與火巖隊這次的大動作目的。
因爲他還記得一點點自己看的動漫，雖然自己的混入，但自己沒有把時間線打的太亂。
所以沒有太多超過自己意料之外的事，這便是江曉平時不和小智他們一起走的原因。
如果將時間線打得太亂，自己都沒辦法理清，那麼，後面將會發生一些自己意想不到的事或一些事，發生的連自己都無法察覺。
那樣自己就失去了有利的形勢，江曉可不想讓自己落入被動的局面，再將神奇寶貝全部更換了之後，帶上五隻神奇寶貝便出發了。
而十二生肖的五名成員負責對付火巖隊，十二星座的五名成員，其中一名潛入水艦隊。
而江曉來到了這裏後詢問情況，後得知現在的情況很不樂觀。
水艦隊已經抓住了固拉多，火巖隊已經抓住了蓋歐卡，現在雙方被挾持着在這裏談判交換。
格鬥天王希巴，帶着一個青年走了過來，青年便介紹自己隱氏家族之一君家嫡系。
而後青年便向，江曉介紹起了自己他們家族將整個家族隱藏了起來唯一能夠露面的，只有家族的女子。
那就是世界各地的君莎小姐，他們家族的任務看守大地寶珠，家族中所有的女子會被分配到各地擔任警察。
所有的男子統一，接受嚴格的訓練，而後在家族企業內保護珠子，但卻遭受到了火巖隊的偷襲。
將大地珠子搶走了，同樣另一個隱士家族喬家，也遭受了水艦隊的迫害，他們家的珠子被水艦隊偷走了。
對於這種情況江曉也說了，自己會盡力，隨後讓希巴派人把他送到，送走儘快遠離這裏。
青年很不解，江曉說道這裏很可能很快就會發生戰鬥，隨後希巴帶人將青年送走。
而火巖隊派人潛入水艦隊，兩位成員通通被抓，水艦隊則派出了首席戰鬥隊長潛入火巖隊。
很快混入關押蓋歐卡的關押室，將蓋歐卡從裏面放了出來，而後火巖隊受到攻擊。
在受到攻擊的那一刻，藍色珠子脫手而出，皮卡丘跳了起來去搶奪大狼犬去捉皮卡丘。
聰明的皮卡丘借用大狼犬的腦袋去捉那顆藍色珠子，皮卡丘抱住了藍色的珠子。
但很快珠子慢慢的融入了皮卡丘體內，皮卡丘陷入了狂暴狀態，而在場的所有神奇寶貝，沒有一隻是皮卡丘的對手。
小智等人看見這時機很好就逃了出去，小剛小遙小勝跳到了水裏，小智還在擔心皮卡丘結果被捉住了。
隨後被關了起來，赤焰松與水梧桐在島上會面，但因爲固拉多還被關着蓋歐卡已經被放了出來。
赤焰松已經沒有任何的優勢，水梧桐自然而然的沒有答應，放固拉多還揚言會毀滅所有人。
沒想到火箭隊三人組也到達這裏，已經跑到了水艦隊的船上搗亂，卻意外將蓋歐卡放了出來。
隨後皮卡丘通過飛船破掉的那個洞鑽了出來，來到了關固拉多的那個大倉庫。
釋放雷電引出一道雷霆擊中了固拉多，倉庫被雷電打壞後固拉多出來了，兩隻神奇寶貝引起了天災。
還在奔騰海嘯與海龍捲齊出，夢斯島火山噴發，江曉命令道所有人進攻蓋歐卡。
所有的人放出了飛行系神奇寶貝乘坐上去去對付蓋歐卡，而江曉的目標對付固拉多。
江曉將快龍老鬼洛奇亞超夢噴火龍放了出來讓快龍洛奇亞對付固拉多，剩下的拖住蓋歐卡