有馬在與金木的對戰中自殺後，卻被“夜鴉”回收，他們相信或許只有有馬才能實現他們的理想，於是對他進行了喰種改造的實驗。
但是執行實驗時，因爲組織內出現叛徒，因爲一己私慾企圖取代和修，成爲新世界的主宰，於是對喰種化的有馬設計了聽命於自己命令的特殊指令。
......
安定區驅逐戰：
搜查官不敵三梟，特等級別以下的搜查官卻突然收到消息回防庫克利亞（小丑組織在舊多二福的協助下趁機侵入）
舊多跟朝鳳凜達成協議，舊多說ss級別以上的喰種可能被關在庫克利亞深層提供新型庫因克的原料（參考“新”），而作爲交換，朝鳳凜將會把神代利世送回神代家。
神父提供線索，霧島洵都找到霧島新，但神父並沒有離開監獄，“我也在等我的兒子呢。（現在還不是時候）”
小丑組織盜走一份生物樣本（某個已經衰竭赫包），“它來自於初代獨眼之王”
v趕赴戰場，牽制住了高槻泉，有馬對抗朝鳳凜。
高槻泉將重傷失去意識的店長藏匿於下水道（參考店長曾經把沒有戰鬥能力的孩子藏在那裏）。
舊多前往神代家的途中，和修家衆追蹤，取走利世赫包。
叉榮將瀕死的利世託付給舊多，隻身對抗和修家。
舊多遭遇小丑組織，蘿瑪要求舊多交出利世，“這樣她可能還有活下去的機會。”
以大部分v成員的生命爲代價，獨眼的梟被圍殺。
但卻化作一攤赫子，原來是朝鳳凜的赫子分身，高槻泉趁機帶走店長逃走。
朝鳳凜欲圖撤離，但被圍攻，混戰之中殺死大部分v成員並刺瞎有馬右眼（青光眼，看不見），艱難逃離卻遭到“夜鴉”的狙擊。
林杙帶着虎臣前來救援（從多多良口中得知夜鴉的存在，並一直對其進行暗中調查）。
虎臣替朝鳳凜擋下一擊，屍體被回收，“或許會是一個不錯的素材。”
多多良趕到，夜鴉要求其代表獨眼之王下令，讓青銅樹的喰種盤踞在流島。（同時是爲了除掉曾經作爲合作伙伴但現在已經不再被需要的高槻泉）
多多良帶走了林杙，但朝鳳凜被夜鴉帶走作爲喰種改造的赫包供體。
“我們不會就那麼讓他死掉的。”
“或許，他會爲我們提供一種新的可能。”
.......
朝鳳凜赫子高度異化，實驗體大量出現排異死亡症狀，唯有極少部分提取了羽赫（來自店長和高槻泉）的片段純度較高，極少個別改造成功，出現資金困難。
“夜鴉”向星野家和月山家索要資金援助，月山家拒絕，爲月山家討伐戰埋下禍根。
星野家提供資金，但不希望再次成爲別人的傀儡，通過黑道向與朝鳳凜關係較好的中裕家和野比家釋放出信息：
朝鳳凜的所在
伯雄找到林杙，計劃實行營救，未果。
改造成功個體每天受折磨，亞門和虎臣一同勉勵瀧澤政道，但是他終於還是不堪重負。
亞門質問虎臣叛變原因，
準備一同迎接死亡。
......
青銅樹表面上的首領一直是高槻泉化身的“獨眼之王”（除了幾名核心成員，都是這麼認爲的）
以清掃叛徒的名義，高槻泉率領喰種對“夜鴉”所在的流島發起了進攻。
關鍵時刻，蘿瑪帶領小丑來訪“夜鴉”，展示了已經植入了“初代獨眼之王的赫包”的神代利世。
“你們的那位獨眼之王（有馬貴將）已經成爲真正的獨眼了呢！”
“幹掉那個和修老頭子吧，我們的目標，應該是一致的吧？”
“嗯，或許我們要先幹掉那個小姑娘？”
四方潛入，欲圖趁機救下朝鳳凜，但其身份被唄揭發。
“把這個傢伙交給我吧，我早就想跟他打一場了。”
唄與四方對戰，混亂之際，霧島新幫助四方擊退唄，四方發出閃電摧毀了實驗裝置。
朝鳳凜衝破容器，擊潰夜鴉，有馬的零番隊前來支援，卻再次被擊退，有馬被抓住破綻，重傷瀕死，隨即“夜鴉”成員之一的平子丈對ccg總部發出了有馬貴將的死亡通告。
“屍體被sss級喰種，魈（朝鳳凜）吞噬了。”
擊退有馬後喰種們信心大增，以流島作爲基地。
.......
自此，夜鴉放棄了青銅樹，以小丑組織提供的利世赫包對有馬進行了改造復活，並開始按照有馬的指令獨立行事。
......
重傷的店長等人佔據了朝鳳凜母親的領地，以喰種的力量平定了逃難到當地的黑幫，並維護起了那些不被重視的貧民區以及危險區的安定，嚴格規定所屬區域內的喰種不得無故傷人（否則將被驅逐）。
店長成了最強的秧歌star?（笑，其實就是靠着實力和人格魅力征服了人類黑幫）
駐地內因爲有喰種因爲隨意捕食人類即將被驅趕，內心不服，向ccg透露了店長的隱藏地點。
店長遭到v組織追殺，掉入大海，不知所蹤。
.......
虎臣和亞門趁亂逃離卻走散，虎臣遇到林杙，亞門被神祕“稻草人”帶走。
.......
高槻泉依舊以作家身份活躍於外界，朝鳳凜以易容能力作爲隨身祕書，兩人出席了不少次發佈會，期間遇到過佐佐木緋世。
.......
佐佐木緋世在得知有馬死後，變得更加冷酷無情，超高強度的驅逐任務和共喰，極度的冷靜和淡漠，讓他成爲了ccg名副其實的黑色死神。
......
和修家主實力強橫（書裏），但是被喰種化的有馬貴將殺害的。
和修家慘遭血洗，有馬強勢迴歸，實行獨裁，完成對衆多強大喰種的驅逐。（被操控）
一時之間，似乎將所有的喰種逼入絕路，舊多解救利世，並完成對自身改造。
“喰種肅清計劃”已經展開，整個東京大規模搜捕，有馬帶領着零番隊來到了高槻泉的籤售會場。
“殺了她。”
有馬冷漠地目光掃過一眼樓頂上那個戴着斗篷的身影，下一秒右手已經不受控制地將鳴神舉起。