2085年9月6日，‘星海共同體’理事會正式宣佈，被稱爲‘第一天災’的‘破界者’，已經被完全消滅。
其對銀河系的威脅，也徹底的解除了。
不過，第二天災‘索林原蟲’和第三天災‘肅正協議’依舊存在，銀河系各文明深知，目前還沒有到可以慶祝的時候。
共同體理事會也將下一步的目標，放在了打敗‘索林原蟲’和‘肅正協議’上。
經過四個多月的休整、改編和備戰後，共同艦隊開始兵分三路，向被‘索林原蟲’佔據的其中三個星系飛去。
原蟲的個體實力不強，但數量衆多，而且繁殖速度很快，成長的週期也很短。
正是憑藉這樣的優勢，原蟲纔可以在一開始處於絕對劣勢的情況下，撐到了如今能和強大的‘肅正協議’打得難解難分。
三支編隊駛入原蟲佔領的星系後，激烈的戰鬥隨即展開。
儘管將大量的生物戰艦部署在了與肅正交戰的前線星系，但原蟲留守在這三個星系的生物戰艦數量也有很多。
如果放在以前，共同艦隊難免要經歷一番苦戰，才能擊敗這些生物艦隊，將被佔領的星區奪回。
可今時不同往日了，共同艦隊在沒有動用基因武器的情況下，其艦載武器輕易就能洞穿生物戰艦的甲質外殼。
而戰艦的護甲，也已經能有效的抵禦蟲艦的生物導彈、角質飛刺、天災酸液等方式的攻擊。
擁有了這樣的實力，三支編隊並沒有經歷太過激烈的戰鬥，就將原蟲的生物戰艦給幹掉，並奪回了這三個星系。
接下來的日子裏，共同艦隊在保證補給航線安全的前提下，對原蟲佔領的星系發起了全面的收復戰役。
僅僅三個月不到的時間，11個星系被成功收復。
6顆被用來生產蟲兵和生物戰艦的孵化星球，被共同艦隊給成功‘淨化’，使得原蟲兵力補充的效率被極大地削弱了。
就這樣，在共同艦隊和肅正艦隊的雙重攻擊下，‘索林原蟲’所控制的星系一個接一個的被攻陷。
儘管又有大批的原蟲生物艦隊，從它們原本所在的世界趕來支援。
但面對數量已經不輸於自己，實力又比自己高很多的共同艦隊和肅正艦隊，‘索林原蟲’徹底敗亡的局面，已經是不可逆轉了。
其中的一隻蟲後，或許是看到了敗局已定，竟然帶着自己所管控的那支生物艦隊離開了銀河系。
黃海濱見狀，交代了一些事情之後，便獨自駕駛戰機，追尋那支開溜生物艦隊而去。
人類一方都知道黃海濱的實力，所以並不擔心他的安危。
2086年7月11號，共同艦隊收復了‘圖雅瑪星系’，消滅了最後剩餘的原蟲生物母艦，
至此，‘索林原蟲’的威脅不復存在。
只要將‘肅正協議’的最後一顆機械星球給毀掉，銀河系各文明就能獲得最後的勝利了。
其實，早在最後一批‘索林原蟲’被消滅前，共同艦隊就已經與肅正的艦隊發生過了數次戰鬥。
不過在當時，雙方的攻擊重點都不在對方身上。
星海共同艦隊想要儘快消滅剩餘的原蟲，然後再集中力量對付‘肅正協議’。
而肅正艦隊則在調集兵力，希望在能趕在共同艦隊完全消滅原蟲前，將來勢洶洶的‘賽博勒克斯守護者’給滅掉。
好在兵力充足的共同艦隊兵分多路，以更快的速度和效率幹掉了所有剩餘的原蟲。
2086年7月18日，共同艦隊同樣兵分三路，攻向了被‘肅正協議’佔領的三個星系，與其展開了最後的決戰。
由於長期與‘索林原蟲’交戰，這片星域的肅正戰艦數量雖然不多，但戰鬥力卻是最強的。
在其數據庫中，存儲和推演了多種新式的戰術和戰法。
而且，爲了有效對付原蟲，這些肅正戰艦的艦載武器和護盾護甲升級和改造過。
比之前肆虐另外三個星域的同類戰艦更強大、更先進。
因此，在與這些肅正戰艦作戰的過程中，共同艦隊艦船損失的比例，比以前的戰鬥要大了不少。
爲了儘快獲得最後的勝利，徹底終結天災對銀河系的威脅，共同艦隊聯合指揮部制定了有關‘奇襲’的戰術。
這個戰術和當時突襲‘破界者’老巢的‘次元裂縫’有些類似，就是先躍遷一部分戰艦至最後一顆機械星球所在的‘倫多爾星系’。
在吸引了肅正守軍的火力和注意力後，再將主力艦隊躍遷過去發動奇襲。
不過，由於‘賽博勒克斯’的艦隊也在作戰，而且是孤軍奮戰。
擔任人類聯合艦隊統帥的林夕月提出意見，希望能先協助對方一道，將所有前來圍剿的肅正戰艦給消滅。
畢竟，現在大多數肅正的戰艦都被‘賽博勒克斯’艦隊所吸引。
如果能將這些敵艦全部消滅，就等於是消滅了大部分的肅正艦船。
最後再對‘倫多爾’實施突襲，其成功率將會極大的提升，而本方戰艦的損失概率也可以降到最低。
可聯合指揮部卻認爲，正因爲大部分肅正的戰艦都去圍剿‘賽博勒克斯’艦隊，‘倫多爾’的防守必定空虛，正是突襲的絕佳機會。
因此，林夕月的意見被拒絕了。
由‘海希恩天祝會’等文明組成的奇襲艦隊，率先向‘倫多爾星系’實施躍遷。
當躍遷到目的地後，守衛在該星系的大量肅正守軍，隨即對先鋒艦隊展開瘋狂地圍攻。
建造在星系各處的防禦要塞、恆星基地等設施，也配合着艦隊攻擊共同體的先鋒艦隊。
短短的20分鐘不到，這800艘戰艦組成的先鋒艦隊就被全殲了。
幸好聯合指揮部及時阻止了後續編隊的躍遷，避免了更大傷亡的發生。
看到‘倫多爾星系’無法用這種方法攻破，聯合指揮部轉而採納了林夕月的意見，命令所有戰艦前往‘玉耀增十星系’，與‘賽博勒克斯’的艦隊會合。
2082年9月2日，就在‘賽博勒克斯’艦隊快要被全部消滅之時，星海共同艦隊的戰艦終於分批躍遷而來。
已經打得筋疲力盡的肅正艦隊，很快就被前來支援的共同艦隊全部幹掉了。
戰鬥剛剛結束沒多久，‘賽博勒克斯’剩餘還算比較完好的戰艦，便馬不停蹄地朝‘倫多爾星系’駛去。
共同艦隊也迅速進行重新整編，留下了一些受損較重的艦船，然後也向‘倫多爾星系’飛去。
有了‘賽博勒克斯’艦隊在前方開路和吸引火力，共同艦隊可以跟在後面專心攻擊敵艦。
由於敵人的恆星基地和防禦要塞對艦隊造成了不少的損失，聯合指揮部立即命令載有步兵的艦船，前去奪取或破壞這些大型防禦設施。
人類的修真者、修煉者、基因戰士、靈能戰士等，開始發揮出了強大的個人武力。
在成功登上各大型設施後，便將裏面的肅正守軍殺得是節節敗退。
原本操作防禦武器的肅正步兵，不得不停下手頭的工作前去作戰。
沒有了這些大型防禦設施的威脅，共同艦隊終於可以放開手腳地進攻肅正的戰艦了。
經過七天的奮戰，所有的肅正戰機和戰艦，終於全部被消滅了。
各個大型防禦設施，被各文明的陸軍或是佔領，或是摧毀。
隨後，所有的戰艦火力全開，任意攻擊着機械星球的每一寸角落。
這樣的做法雖然耗時耗力，但相對來說安全一些。
想當初在攻打第二顆機械星球的時候，也是派出了大量的陸軍登陸星球，然後直接攻入核心區域將其破壞。
可是，在機械星球被成功摧毀時，幾十萬未來得及撤離的各文明的陸軍，隨着星球的大爆炸而殞命。
“轟轟轟！”
經過兩個多月的持續轟炸，這最後一顆被炸得千瘡百孔的機械星球再也承受不住，從內部開始發生大爆炸，繼而整顆星球全部被炸得碎裂。
原本還一直能接收到的‘幽靈信號’，也隨着星球的爆炸而停止。