木葉大蛇丸實驗室。
“大蛇丸，對初代細胞的研究怎麼樣了？”團藏低聲問道。
“初代的細胞生命力過於強大，細胞分裂太快，所有的實驗體都承受不住初代細胞，很快就被木質化了！”
“現在需要調配新的初代細胞營養液，但現在戰爭也已經結束，沒有那麼多戰犯可以成爲實驗體了，看來這研究要先擱置一段時間了！”大蛇丸有些遺憾的說。
聽到大蛇丸說木遁的研究要推遲，對於迫切想要得到強大力量的團藏來說這是無法忍受的，團藏心裏下了一個決定，隨後對大蛇丸說：“實驗體的事你不用擔心，這個我會爲你解決，你就安心研究吧！”
在幻境中可以看到團藏連續一個禮拜爲大蛇丸提供了36個實驗體，等團藏再次來到大蛇丸的實驗室問：“大蛇丸，現在配製出合適的初代細胞了嗎？有實驗體存活嗎？”
大蛇丸興奮的回答：“有的，終於成功了一例，他現在還在昏迷之中，等他醒來，好好訓練一番，就可以覺醒木遁了！哈哈哈哈！我終於成功了，而且我還在次基礎上研發了加強版的細胞液，這一種也不會出現木質化現象，而且覺醒後的木遁更強！”
說着大蛇丸就把強化液交給了團藏，離開前那個存活的實驗體也被團藏一同帶走。等到團藏離開後，一大堆根部成員開始襲擊大蛇丸的實驗室，團藏帶着那個實驗體來到火影辦公室。
“猿飛看看你的學生乾的好事！竟然敢對村子裏的孤兒下手！”團藏對着三代火影發火。
“團藏怎麼了？”猿飛日斬有些不知所以。
“你的得意弟子大蛇丸，用村子裏的孤兒做實驗，已經有35個孤兒死在他的實驗臺上了，要不是我發現的早，恐怕孤兒院沒有一個人能活下來！”團藏裝着非常生氣，把這一切都推到大蛇丸身上。
“現在我的根部正在抓捕大蛇丸，爲了防止他逃脫，你趕快下令，讓暗部一同去抓他！”團藏建議說。
大蛇丸實驗基地已經被一羣根給毀得稀碎，一名和大蛇丸近身交手的根部忍者趁機低聲說：“大蛇丸大人，團藏大人讓我告訴你，人體實驗被村子和火影發現了，現在正派全村的忍者來抓你。團藏大人讓我轉告你，村子的東面防禦全是根部成員，你可以往那離開！”
在大蛇丸的感知中，有一大批忍者正在往自己這趕，有自來也，有三代火影，有各個家族的族長等。
大蛇丸也不戀戰，直接朝村子的東面逃離木葉。在大蛇丸離開後，三代火影下令將大蛇丸判定爲s級叛忍。
當着木葉忍族族長和木葉忍者的面，團藏告訴三代火影：“猿飛，你知道大蛇丸是怎麼和我說的嗎？他說木葉不是有很多因爲戰爭而成爲孤兒的人嗎？反正是村子在養着他們，他們成爲我的實驗體也是爲村子做出一點貢獻了！這就是你的好徒弟啊！”
各位忍者聽到團藏口中大蛇丸說的話，都一臉憤怒的看着三代，要不是三代一開始批准大蛇丸建實驗基地，也就不會有今天這事發生。
三代火影知道這事自己難辭其咎，開口說：“我會辭去火影之位用來平息這次的怒火，下週等木葉的上忍都回村就開始選舉四代火影吧！”
“可惡的團藏，原來大蛇丸是被團藏陷害的！”卡卡西說。
“不然你以爲呢？大蛇丸明明是最有機會成爲四代火影的，正是因爲這樣團藏纔要除去他，任何成爲他火影路上的絆腳石他都要踢掉。團藏可是打的一手好算盤，曝光大蛇丸，既沒了競爭對手，又讓三代火影迅速下臺。可是他的算盤還是落空了，四代火影是波風水門！”念休給大蛇丸分析團藏的骯髒手法。
團藏的精神世界又來到另一幕。
一名根成員找到還未成型的曉組織“你們接任務嗎？關於九尾的任務！”
一個面具男出現在根面前：“什麼意思？”
“我們委託你到時候來木葉幹掉九尾人力柱。”根成員大致說了一下任務內容。
“我接！”面具男帶土接下了這個任務，他要爲琳先收點利息。
根成員便告訴帶土關於九尾人力柱接生的時間和地點。
九尾之夜，木葉一片狼藉。四代火影正在奮力戰鬥，而根和團藏卻蜷縮不出。團藏聽着手下彙報的戰況，心裏非常高興。
當根告訴團藏四代火影和漩渦玖辛奈戰死的消息，團藏內心狂喜“這下再也沒有人能夠阻擋我成爲火影了！”
漸漸團藏的精神世界開始破碎，卡卡西和念休也從幻境中退了出來，卡卡西看着牀上的團藏，他恨不得現在就殺了他。他正準備走上前去結果團藏，這時房間外傳來了腳步聲。
念休帶着卡卡西離開了志村族地，兩人來到了火影巖山崖。
卡卡西站在山崖之上看着木葉全景，他不知道自己和父親這些年爲了守護木葉付出這麼多到底值不值得。
“卡卡西，木葉已經不是以前的木葉了，木葉變成了當權者的私人物品，他們利用木葉，利用權力滿足自己的私慾，壯大自己的家族與族人，你看看千手一族的下場，你再看看我們宇智波一族。”
“我們宇智波好歹也是木葉的創始族羣之一，自從先祖宇智波斑叛村後我們宇智波就受到村子裏無情的打壓！我們宇智波有哪一點對不起木葉，要遭受這種待遇？守護木葉，保護村民，哪次沒有我們宇智波的身影？”
“但現如今的木葉高層卻一直以各種理由找宇智波的麻煩，監視着宇智波一族！”
“卡卡西，木葉需要改變，需要新的力量去建設出新的木葉！卡卡西，我們一起合作吧！爲了木葉的明天，也爲了木葉的下一代，是時候將木葉的蛀蟲給剔除了！”念休伸出了手，義正言辭的說。
卡卡西想着團藏的記憶和念休的話，自己的父親也是爲了木葉更加美好纔會獻出自己的生命，但現在木葉卻變得越來越爛，並沒有成長爲一棵參天大樹。
也許木葉確實需要改變了，卡卡西做出了重要的決定，他伸出了自己的手和念休緊緊握在一起。兩個人眼中充滿希望，他們相信他們一定會還木葉一個光明璀璨的明日。