對於大蛇丸來說，他需要學習的知識很多，幸好有許多時間，這裏果然是理想世界。真司大學專業是父母逼着選了醫學，他不喜歡，但是大蛇丸覺得不錯，就是書籍味道濃了些。
嘗試着寫了幾篇論文，大蛇丸還有一篇被報刊發表了。儘管一些人覺得論文異想天開沒有實驗數據支持，可是大蛇丸不在意，並且得到了一位德高望重的博士賞識。
他給阿笠博士發了一封郵件，希望可以登門拜訪。其實是順便拜訪，大蛇丸收到一封信，據說是真司小時候的鄰居。真司高中時搬過一次家，但是在他的記憶中完全沒有。
信中說的非常誇張，什麼靈異現象，什麼魔術師啊。魔術與忍術是否有關係，大蛇丸挺好奇的，於是決定去看看。反正是去米花市，大蛇丸當然要拜訪阿笠博士，博士也同意了。
大蛇丸訂的火車也是魔術列車，火車上有幻想魔術團表演，世界聞名的魔術團。希望這次旅途不會令人失望，他可是很期待呢。
火車餐廳中，毛利小五郎、小蘭和柯南正在用餐，欣賞着魔術團表演精彩的魔術。大蛇丸沒有觀看魔術，而是一直盯着柯南，因爲他發現這個小孩的靈魂很奇怪。沒有什麼不協調的，應該不是不屍轉生之類的術法。
小蘭與柯南是想看魔術，毛利小五郎是陪同高木警官，因爲警視廳收到犯罪預告，地點就是這列魔術列車。
幾天前，警視廳收到一個機關盒，簡單卻製作精巧，裏面是一個扭曲的小人傀儡。盒子底部寫着：
三天以後，穿過北海道屍骨原溼原的列車上施下了魔法
死亡與恐怖的魔法爲人稱道
地獄的傀儡師
不能無視又不能大動干戈，高木警官尋求毛利小五郎的幫助。這個犯罪預告可能是惡作劇，但是真的概率比較大，因爲連同機關盒一起的還有一隻手機。
“這是你剛纔點的玫瑰色拉。”服務員端給毛利他們一盤色拉。
“嗯......高木啊，你居然點這麼鮮豔的東西。”毛利小五郎取笑道。
“不......不是的，我不記得點過玫瑰色拉。”高木連忙擺手否認。
“誒你們看，每個餐桌上都有一盤玫瑰色拉，應該是送的吧。”柯南指着其他餐桌，果然都有一盤玫瑰色拉。
大蛇丸盯着玫瑰色拉，這奇怪帶刺的花能喫？他敏銳地注意到，幻想魔術團的標誌是玫瑰花。
“很抱歉打擾你用餐了，羅伯特說他想向每位客人問好。”一位白帽白衣的女人從兜裏拿出小人傀儡，惟妙惟肖的傀儡好像活了一般。
【早上好，昨晚睡得好嗎？】
“嗯，蠻有趣的小玩意。不過我見過真正的人傀儡，有生命的人傀儡。”大蛇丸聲音低沉，一本正經。
“什......什麼？”女子是幻想魔術團的成員，她好像搞砸了。
“沒什麼，我開玩笑的。”大蛇丸不失禮貌地微笑。
經歷過許多大場面的魔術團成員，再奇怪的觀衆也見過，恢復心態行禮離開。
嘀嘀嘀......
犯罪預告的手機響了，高木警官打開免提，手機中傳來的奇怪的嗓音。
【歡迎搭乘魔術列車，旅途還算愉快吧。】
“你是誰？”毛利嚴肅地問。
【我是地獄傀儡師，您知道的吧。其實我只是想通知您一下，我安置的炸彈爆炸時刻就要到了。】
“炸......炸彈？！”毛利小五郎的聲音讓整節車廂的人聽到了。
嘭！毛利他們餐桌上的玫瑰色拉爆炸了，車廂內飛舞的都是玫瑰花瓣。人羣陷入了騷亂，聲音此起彼伏。
“什麼啊......”
“剛纔那聲巨響，不會是炸彈吧......”
【知道我是認真的了吧，下一發煙花會更大的哦，現在離爆炸還有二十分鐘。好了，再不採取什麼措施，就連這趟列車都會炸飛的哦。】
地獄的傀儡師掛掉了電話，毛利小五郎氣急敗壞，但是隻能先按對方說的去做。高木警官去聯繫列車長，五分鐘後火車在貨車車站緊急停車疏散乘客。
所有乘客都下了火車，但是幻想魔術團的團長不見了，成員都抱怨團長獨自躲起來了。
毛利等人距離火車很遠，即使發生爆炸也很安全。柯南疑惑地說：“哎呀，好奇怪哦。”
“你這小鬼別搗亂，有什麼奇怪的。”早知道這麼危險，毛利就不會帶小蘭和柯南來。
“就是那盤玫瑰色拉爆炸的時間好巧哦。”柯南假裝懵懂。
“嗯......對了！地獄的傀儡師就在火車上，監視着我們的一舉一動，玫瑰色拉被做手腳也說得通了。”毛利小五郎恍然大悟。
大蛇丸不請自來，說道：“所以火車上根本沒有什麼炸彈，只是憑空捏造的。”
“喂喂，你誰啊？”毛利不認識大蛇丸，不滿他隨便插話。
“抱歉，剛纔一直在旁邊聽到了你們的談話，其實我是毛利先生的粉絲。我叫大蛇丸，是個不出名的偵探。”大蛇丸張口就套近乎，他對地獄的傀儡師感興趣，對柯南就更加好奇了。
“原來是我的粉絲，我果然很出名，啊哈哈......”毛利小五郎誇張大笑。
柯南無語。他不相信大蛇丸，甚至懷疑地獄的傀儡師就是這傢伙。大蛇丸在火車上就一直盯着他們。
滴答滴答......高木看着手錶，預告的爆炸時間要到了。“啪”地一聲，一朵朵玫瑰在空中散落。
玫瑰花瓣的飄雪，驚慌失措的人們又沉醉在這美麗浪漫的一幕中。但是罪犯爲什麼要這麼做呢？
一個小時後，檢查完火車並沒有炸彈，乘客們又上了列車駛向目的地。以毛利小五郎粉絲的名義，大蛇丸成功加入毛利他們，一起抓捕地獄的傀儡師。
嘀嘀嘀......地獄的傀儡師電話又來了。
【感覺如何呢，我送出的禮物，鮮紅色的玫瑰花瓣飄雪。好了，接下來就是諸位期盼已久的死亡魔術，開始了，舞臺就在特別車廂五號室。魔術的名字就叫做‘天外消失’，主題是紅色的玫瑰和顏色不一的氣球。】
大蛇丸等人跑向特別車廂五號室，那裏是幻想魔術團成員所在的車廂。
“啊！”女子拉開五號室的門，眼前場景把她嚇得尖叫倒在地上。她是魔術團成員里美，手中的羅伯特小人傀儡很討觀衆喜愛。驚恐的聲音引來了其他魔術團成員，毛利小五郎他們也到了。
五號室內一個黑衣黑帽的男人躺在地上，手上拿着幾個氣球，周圍是玫瑰花與各色的氣球圍繞。溫馨的房間，男人的面容卻極其扭曲，這絕不是活人該有的面孔。
“團長......！”
魔術團的成員認出了男子，正是不見人影的魔術團團長。高木想進去將屍體擡出來，不小心被帶刺的玫瑰扎到手。忽然，房間裏冒起了濃煙。
“怎麼回事......？”
“莫非.......是炸彈？！”
不知道是誰說的，高木趕緊把門關上，大喊：“趕緊，快、快臥倒！”
衆人慌忙臥倒，大蛇丸不怕炸彈但是也跟着躺在地上。房間內傳來噼裏啪啦的聲音，幾秒後安靜了，並沒有炸彈爆炸。
“已經......結束了嗎？”
“似乎......是啊......”
毛利小五郎爬起來，小心翼翼打開房間門，他驚悚地發現團長的屍體消失了。氣球都爆炸只剩碎片，玫瑰花還在，中間空出的是屍體所在。
這怎麼可能？關門開門不過間隔十秒。屍體不可能從房門搬出來，車窗戶太小，小孩通過都勉強，大人絕不可能，何況時間這麼緊急。