假設他帶着武原營出城去奪賀虎臣統領的故關軍的兵權，那麼暗雲宗勢必會挑撥、鼓動甚至直接挾持賀虎臣下令與武原軍開戰，那麼後果將不堪設想。
其一，故關軍與武原軍一開戰，不管出於什麼原因，賀虎臣都開弓沒有回頭箭，從此就只能與秦書淮不死不休了。即便秦書淮將他擊敗，賀虎臣只要不死，他也會帶着殘兵去投靠張獻忠，因爲如果歸順朝廷，他一定會死。
其二，故關軍與武原軍開戰之後，所有忠於的東林黨將領都會得到錯誤的訊息，那就是秦書淮要徹底剿滅他們。到時候只要有人稍稍一挑撥，他們就很可能直接造反！要知道在現在，造反的人可有大把的地方去！
所以他不能給暗雲宗，或者東林黨的腦殘粉這個機會，因此太原城必須守住。只要外頭的軍隊進不來，就不會打起來！
當然，太原城如此重要，秦書淮絕對不會只把希望寄託在楚馥一個人身上，他這麼說，無非是想告訴楚馥，自己很信任他，讓他安心爲自己賣命！
楚馥聽完秦書淮這一番“肺腑之言”，雖知他也有些許做戲的成分，但也能察覺秦書淮是真心想收自己爲己用。
這對他來說自然是好事。如果他能幫秦書淮在平定三邊的過程中出一把大力，那他未來的前程自然能多一層保障。
楚馥又鄭重說道，“秦少保放心，末將必不辱使命。末將以項上人頭擔保，人在城在！”
秦書淮點了點頭，又大聲道，“好！那就有勞楚將軍了。他日若三邊平定，本欽差必在皇上面前爲將軍、爲在場所有將士請功，蒼天爲證！”
秦書淮身份顯赫，聲望震天，他說出這番話來，自無人懷疑！
衆將士無不精神一震。
“多謝秦少保！”楚馥躬身抱拳，心底又安心了不少。
秦書淮從南門回來後，又親自跑到北門，先開了北城的門，讓外頭的五千武原營士兵進城。然後又對北門守將宣旨，並下令緊閉北門，衆將士自然不敢違命。加上後來城守楚馥又派人去傳了一遍將令，讓他們不得放一兵一卒進城，他們就不敢開城門了。
至於南門和北門，秦書淮就不親自去了，反正楚馥如果真想守太原，肯定會去傳令的。
太原城是大城，出了外城牆，還有內城牆。秦書淮把所有士兵全部集中於內城之內，至於內城牆的四個門，則由武原營的人來把控，這樣萬一楚馥反水放人進來，他還有一層防護。
此時，暗雲宗的人正在太原城南五里外的地方，焦急地等待故關軍趕上來。
本來他們想先行趕到城內殺秦書淮的，但是到了半道他們就收到了楊鶴已死，太原城門緊閉的消息，所以只好停下來等待故關軍。
秦書淮搞定了一切，就只剩下靜待各路大軍上門了。
在內城，原先追殺他的兩千兵全部被李敬亭以協助防守總督府的名義給裹挾了來。他們一進內城就被命令原地休息，而將領則被叫進了總督府“共商大事”。
實際上，李敬亭把這些將領全部軟禁了。因爲很明顯，這些人都是忠於東林的。他又不能明着說他們抓刺客不對，所以只好把他們軟禁。
城總計一萬五守軍，其中八千由城守楚馥直接統領，剩下的七千兵當中，一半是由中立派將領統領的，另一半是由忠於東林的將領統領的，現在這些忠於東林的將領和他們的兵，基本都在這裏了。
秦書淮進了總督府後，立即以他們“未能恪盡職守以致總督殉難”的理由，將他們就地解職，所屬麾下官兵一律打散充入武原營。
這些將領一個個嘴巴苦的跟吃了黃蓮一樣。啥叫“未能恪盡職守以致總督殉難”？總督不就是你殺的嗎？要論未能恪盡職守，那些明知總督遇刺也按兵不動的人，恐怕纔是真正的玩忽職守吧？你怎麼不去抓他們？
哎，成王敗寇，早知道咱也按兵不動好了，這下不知道要被他怎麼對付！
隨後，秦書淮立即派人把城內其他將領都請了過來。這些將領大都是中立派，所以一通宣旨外加說明厲害關係之後，他們全部表示接下去將聽秦書淮號令。
城內終於整頓好了。
秦書淮來到了後堂，見到了被“捉拿”的孟虎、賴三兒和白蓮教衆人。此時他們自然已經都鬆了綁，並且得到了大批藥品，正在治療。
孟虎和賴三兒受的都是皮肉傷，他們給自己包紮之後，開始救助受傷最重的幾個白蓮教徒。
兩人眼中都微微發紅，因爲他們的命，就是白蓮教徒以一百八十多條命換來的。
見秦書淮進來，衆人都向他行禮，只不過稱呼各有不同。
“參見幫主！”
“參見教主！”
秦書淮說道，“都起來吧，療傷要緊。”
他收了白蓮教的事情，孟虎和賴三兒早就知道了，所以不覺得怎麼奇怪。
有意思的是，孟虎知道，但是崇禎還不知道。
秦書淮對矮壯男子說道，“你叫什麼名字？”
矮壯男子忙道，“啓稟教主，屬下文鎮東，是我教太原分舵舵主。”
秦書淮點了點頭，說道，“文舵主，這次多虧了你，你們太原分舵，這次損失了不少教中兄弟吧？”
文鎮東點了點頭，平靜地說道，“共計有一百八十九個兄弟，升入天國，去侍奉無生老母了。”
神色之中，看起來並無一絲悲傷。看來，白蓮教徒對於死亡，有自己的獨特的見解。
秦書淮也就不加安慰了。
沉吟了下，說道，“對了，你是怎麼知道我要行刺楊鶴的，又是如何在這麼快時間內召集了這麼多弟兄來幫忙的？”
文鎮東笑了笑，不過看上去就更醜了。
“回教主，我們太原分舵的弟兄，有上百人就混在官軍之中，其中有一人是王涵年的親兵護衛。前兩天他聽王涵年在屋裏跟一名參將說要對付新來的欽差大人，於是就馬上把這個消息告訴了屬下。咱們太原分舵此前已經收到過總舵傳來的消息，說教主您將以欽差大臣的身份抵達太原，所以屬下一想，以爲他們會在太原城內設鴻門宴，將您誘騙過來然後殺您，於是就立即發出召集令，要太原各地的我教弟子前來太原護教。沒想到才召集了兩百來人，您就過來了。”
正說着，突然外頭有人來報。
“大人，故關軍到了！”