與學習忍術技能時訓練密室裏的練習完全不同，忍者自有一套傳承已久的完整的修煉體系，雖然每個裏村的具體細節可能有所區別，但大致的修煉步驟都是一樣的。
所有忍術的修煉都基於一個理論：人的身體內藏有巨大的潛能和無窮的奧祕，只要修行得法，不懈努力，就能開發出全部潛力，讓身體與宇宙溝通，達到天人合一的境界。
而忍者們認爲，那巨大的潛能就是精力，經過長時間的摸索、錘鍊和一代代的傳承，他們總結出了系統且較爲完善的修煉精力之法，簡單說來，可分爲三個階段，練體，練精，練印。
練體即是鍛鍊肉體，訓練方式五花八門，奔走、縱躍、攀爬、倒掛、潛水平衡訓練、靈敏訓練、持久訓練、力量訓練
在強壯筋骨的同時，忍者還注重肌肉與關節，配合靜坐、呼吸、按摩、鍼灸等衆多奇怪的方法來鍛鍊自己。
可以說，忍者的練體是全方位的，而這一切的目的，都是爲了更好的瞭解體內的精力，熟悉其如何運行，如何消長，如何對肉身發揮作用。
練精是在練體的基礎上，對精力有了清晰且精微的認識後，以靜坐冥想、藥食進補等各種方法來增強自身精力，並能熟練控制精力在體內的運轉，通過調控精力來更好的支配自己的身體。
練體、練精雖有先後之分，但又經常混合爲一，許多練體的方法同時可以增強精力，而許多練精的方法同樣也可以增強體魄，這兩步都是爲了通過鍛鍊，使肉身與精力達到和諧混一的狀態，之後才能開始練印。
印，指的即是忍術手印，當中最著名，也是在忍者間流傳最廣的，就是九字真言手印：臨、兵、鬥、者、皆、陣、列、在、前。
忍者們口中常唸的這九字真言出自東密。
唐朝開元年間，印度密宗佛教傳至中國，後由空海大師帶回日本，開創出以東寺爲根基道場的日本真言密教，在日本發揚光大，是爲東密。
至於那九個的字的來源，則是中國的道教典籍葛洪的抱朴子。
原文有兩個版本，一爲“臨兵鬥者皆數組前行”，一爲“臨兵鬥者皆陣列前行”，在傳往日本時因爲抄錄錯誤，變成了“臨兵鬥者皆陣列在前”。
後來這九字被東密吸收，成爲九會曼荼羅真言。
佛教在日本傳播甚廣，而古時的忍者大都是狂熱的東密信徒，他們取九會曼荼羅真言用於自己的修煉當中，就變成了九字真言手印。
不過，此時的九字真言早已與其本源大相徑庭，由最初的道家祕術，變成了日本忍者特有的修煉、戰鬥法門，二者雖有關聯，但從本質上來說，已是完全不同的兩種事物。
練印就是通過雙手結印、口中吐言的辦法，來調動自身精力，施展出各種神奇的忍術。它並非只是簡單的結下幾個手印即可，要成功施展出神奇的高階忍術，必須達到身動、音動、意動的完美結合。
身動即是結手印。人身十指與五臟六腑相通，通過雙手十指相互交叉結成不同的形狀，配合意念想象，就可以達到調動體內精力的效果，不同的手印，代表着不同的精力運用之道。
意動是練印最關鍵的一環，無論是身動還是音動，都必須配合意念心神的集中、觀想，才能發揮作用，只有通過意動激發意識潛能進而達到“超然物外”的境界，然後才能控制外物，施展出各種奇妙忍術。
九字真言手印各有不同的側重，臨爲不動明王印，代表堅強的意志；兵爲大金剛輪印，代表頑強的生命力；鬥爲外獅子印，代表勇猛的鬥志；者爲內獅子印，代表自由支配軀體的力量；皆爲外縛印，代表操縱心靈之力
這九印是最基礎也是最重要的忍術手印，可以衍生出數量龐大的各種手印，不同的手印組合，可以施展出衆多的不同忍術。
忍者開始練印之後，可以通過各種手印來加快吸收外界能量的速度，大大增強自身的精力，對練精、練體又形成反哺之效，可以說，這三者雖有先後難易之分，但又是相輔相成、統一在一起的。
當然，這當中練印肯定是最爲艱難的，這從太閣世界中整個日本只有十二個裏村、三十六種祕傳忍術，就可以看出，忍者們對手印的開發顯然是極其有限的。
龍濤的身體經過虛宇宙能量強化後，自然是無需再練，而他本身的精力實質上是隨時可以達到飽和狀態的，並且可以隨心所欲的控制其運轉到身體的每一處，因此練精也就不需要了。
他直接開始修煉九字真言手印，不用兩天的時間，也全部掌握了，同時他也發現了忍者們練印極其艱難的原因，那就是神力不足。
在練印時，龍濤意識到，意動纔是結印的關鍵，如果僅是雙手結出了手印，嘴裏唸誦着真言，沒有心神意念的配合，那效果將會差相當多，根本就難以施展出忍術。
即是說，忍術雖以自身精力爲本，但到了後期，心神意念也變得至關重要，這就需要神力的參與了，神力不夠的話，顯然是難以更進一步的。
按吉岡憲法所說，這個世界的人，至今還是無法修煉神力的，那東西全靠天生
雖然忍術發展了這麼長的時間，但在往精奧深微發展的道路上卻被神力限制住了，這也就造成了所有忍村只有這點忍術的現狀。
龍濤因爲本身就具有行星級一段的能量水平，他自信經過星海無極訣的轉化後，自身的神力應該是遠超這個世界的最高水準的，因此他才能那麼輕易的就掌握了九字真言手印，而且在瞭解清楚結各種手印時體內精力是如何運轉的之後，他甚至都不需要結手印就可以做到相同的效果了
在瞭解清楚這一切後，他對獲得那“忍着奧義皆傳”的稱號有了十足的信心，對於擁有星海無極訣，甚至還可以通過雙修大法來增加神力的龍濤來說，學習高階忍術，簡直輕而易舉