公元1604年(萬曆三十二年)，顧憲成等人修復宋代楊時講學的東林書院，與高攀龍、錢一本等講學其中。東林講學之際，正值明末社會矛盾日趨激化之時。東林人士諷議朝政、評論官吏，他們要求廉正奉公，振興吏治，開放言路，革除朝野積弊，反對權貴貪縱枉法。這些鍼砭時政的主張得到當時社會的廣泛同情與支持，同時也遭到宦官及其依附勢力的激烈反對。兩者之間因政見分歧發展演變形成明末激烈的黨爭局面。反對派將東林書院講學及與之有關係或支持同情講學的朝野人士籠統稱之爲"東林黨"。
明朝中期以後，政治日益敗壞，封建壓榨導致人民不斷起而反抗。面對政治經濟困難，1573年(神宗萬曆)東林舊跡年），首輔張居正開始進行改革，在澄清吏治、改進稅制、增闢財源、興修水利和整頓軍事等方面，都取得了一定的成效。首輔是首席內閣大學士，相當於過去的宰相。明神宗十歲即位，由張居正輔政；他年長以後，對於張居正專斷朝政和限制他追求聲色奢侈，感到不堪忍受。1582年（萬曆十年）張居正病故後，明神宗親政，張居正的許多新政很快被廢除了[4]。神宗統治時期，以皇帝、宦官、王公、勳戚、權臣爲代表的封建統治階級勢力，操縱朝政，政治黑暗，軍事衰敗，財政拮据，而苛徵暴斂益形繁重，人民反抗事件也層出不窮。由於明朝國力漸衰，崛起於關外的滿洲貴族也逐漸不服明朝中央政府的管轄，以至成爲對明朝的威脅。
明代晚期以江南士大夫爲主的政治集團。萬曆三十二年(1604)，被革職還鄉的顧憲成在常州知府歐陽東鳳、無錫知縣林宰的資助下，修復宋代楊時講學的東林書院，與高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼及其弟顧允成等人，講學其中，“講習之餘，往往諷議朝政，裁量人物”，其言論被稱爲清議。朝士慕其風者，多遙相應和。這種政治性講學活動，形成了廣泛的社會影響。“三吳士紳”、在朝在野的各種政治代表人物、東南城市勢力、某些地方實力派等，一時都聚集在以東林書院爲中心的東林派周圍。時人稱之爲東林黨。明神宗朱翊鈞統治後期，宦官擅權，倒行逆施，政治日益腐化，社會矛盾激化。針對這一現象，東林黨人提出反對礦監稅使掠奪、減輕賦役負擔、發展東南地區經濟等主張。他們還主張開放言路、實行改良等鍼砭時政的意見，得到當時社會的廣泛支持，同時也遭到宦官及各種依附勢力的激烈反對。明末黨爭中，東林黨的主要對立面是齊楚浙黨。萬曆後期，雙方以爭國本爲首，以三案爲餘波，相攻不已。
天啓帝時期，宦官魏忠賢專政，形成明代勢力最大的閹黨集團，齊楚浙諸黨爭相依附之，對東林黨人實行血腥鎮壓。天啓四年(1624)，東林黨人楊漣因劾魏忠賢二十四大罪被捕，與左光斗、黃尊素、周順昌等人同被殺害。魏忠賢又使人編《三朝要典》，借紅丸案、梃擊案、移宮案三案爲題，毀東林書院，打擊東林黨。東林著名人士魏大中、顧大章、高攀龍、周起元、繆昌斯等先後被迫害致死。齊楚浙黨又造天鑑諸錄，加東林以惡名，並列黨人榜於全國，每榜少則百人，多至五百餘人，凡列名者，生者削籍，死者追奪，朝中善類爲之一空。魏忠賢還指使黨羽製造《東林點將錄》，將著名的東林黨人分別加以《水滸》一百零八將綽號，企圖將其一網打盡。天啓七年明思宗朱由檢即位，魏忠賢自縊死，次年毀《三朝要典》，對東林黨人的迫害才告停止。但東林與閹黨的鬥爭，一直延續到南明時期。
重新營建東林書院，常州知府歐陽東風和無錫知縣林宰幫了很大的忙。落成之後，顧憲成與志同道合的高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼等人講學其中，來聽講求學的人稱顧憲成爲涇陽先生，後來也有人稱他爲東林先生。
當時，不少懷抱道義而不被當政者所接納的士大夫退歸林野，東林書院的重建使他們找到了知音，因此都爭相前來，使得“學舍至不能容”。顧憲成常說：“當京官不忠心事主，當地方官不志在民生，隱求鄉里不講正義，不配稱爲君子。”他的這些觀點博得同志者的響應。講學之餘，他們聚在一起，用委婉的語言議論朝政，褒貶品評執政的大臣。用“君子”和“小人”去區別政治上的正邪兩派。這樣一來，朝中的一些官員，如孫丕揚、公鼐、鄒元標、趙南星等人，也與東林書院遙相應和、互通聲氣。他們懷着憂國憂民的意識，意在有所作爲，就形成了一股不容忽視的政治勢力，與他們唱反調的那一派稱他們爲“東林黨”。東林黨人號稱“清流”影響着天下的輿論。
東林黨人往往不畏強權，爲民請命，大膽彈劾朝中權貴，反對“礦使”、“稅監”，甚至敢於冒犯“龍顏”。當鳳陽巡撫李三才受到內閣大臣論處的時候，在東林書院講學的顧憲成就上書給葉向高、孫丕揚，稱頌李三才的政績。御史吳亮把顧憲成的信抄在邸報中，使攻擊李三才的人大爲惱火。
李三才任職鳳陽巡撫期間，曾經查抄了太監陳增的爪牙程守訓的幾十萬贓款及大量的奇珍異寶，並將程守訓依法治罪，辦了一件大快人心的好事。他還在萬曆二十七年和二十八年，多次上疏，陳述礦稅的弊害。萬曆三十年和三十一年，他又一再上疏反對礦稅，並且提議修浚河渠、建築水閘、防範水旱，這些主張非但沒有被採納，反而被罰了5個月的俸祿。李三才在反對礦使稅監的奏章中指責神宗皇帝說：“陛下寶愛珠玉，百姓也想溫飽；陛下愛護子孫，百姓亦愛戀妻兒。何以陛下要拼命地聚斂財寶卻不讓百姓滿足升斗之需呢？爲什麼陛下要延福萬年，卻不讓百姓享受朝夕之歡呢？”
朝廷對李三才起用不決，禮部右侍郎、詹事府詹事公鼐颺言曰：“今封疆倚重者，多遠道未至。三才猷略素優，家近輦轂，可朝發夕至也。”侍郎鄒元標趣使盡言，以言路相持而止。後御史葉有聲追論公鼐與三才爲姻，徇私妄薦，在朝廷魏忠賢的一手操控下，禮部侍郎公鼐被罷官削職。