鄂尔泰说:“云、贵大患无如苗、蛮。欲安民必制夷、欲制夷必改土归流”。
指出改土归流必须进行，然后提出了对4省改土归流的计划:将原属四川的东川、乌蒙、镇雄改隶云南，相机改流设三府一镇。
广西的土府、州、县、峒、寨分隶南宁、太平、思恩、庆远4府，并将牂牁江以北的普安州划归贵州，牂牁江以南的西隆州划归广西，增州设营。
云南以澜沧江为界，江内澜沧江以东的镇源、威远、元江、新平、普洱、茶山等地改设流官，江外澜沧江以西暂不改流，即“江外宜土不直流，江内宜流不宜土”的改流原则。
贵州苗疆3000余里，1300余寨的改土归流，首先要开通黔桂道路，然后派兵深入“徧加剿抚”而后设立流官政权。
关于改土归流的原则和方法，鄂尔泰在其奏疏中也说得很清楚:“改流之法:计擒为上，兵剿次之;令其自首为上，勒献次之”。
就是“剿抚兼施”，“恩威并用”的政策。
明清王朝的改土归流是在各种机会和借口下进行的。
1当地各民族起来反抗，被镇压后借机改流，如贵州的治古、答意二长官司、施秉蛮夷长官司均是因当地苗族人民反抗被镇压后而，改流的。
2土司犯罪或叛乱被镇压后改流，如贵州金达蛮夷长官司土官何伦父子犯死罪而被改流，还有云南武定土司凤氏、顺宁土司猛廷瑞叛乱被镇压后均设流官。
3土司宗族争袭时被改流，如云南鹤庆土府因土司高氏宗族争夺土官职位“伏诛”后改设流官知府。
广西的左州、利州也都是因族人争袭而改流的。
4土司侵掠邻境被镇压后改流，如广西养利州、永康州土司侵掠邻境，“总兵官赵辅等擒诛之，因改流”。
5以不系世袭为由改流，如贵州大万山长官司申世隆死后，其继承人因“不系世袭”而被改流。
6土司绝嗣后无人承袭而改流，如贵州永从蛮夷长官司李瑛死后绝嗣，无承袭者而被改流;广西上石西州、土田州皆因土司死后绝嗣改流。
7土民请求改流，如酉阳、保靖、桑植、容美等土司地区人民“迫切呼号，蛮皆改土”而被改流。
8土司自请改流，如贵州金筑安抚司土舍金大章乞改流，遂改金筑安抚司为广顺州。
9以新建州县或划州并县为由而改流，如广西的忻城、程县、镇安、西林、西隆州等地流官的设置皆以划州并县为由而实现的。
总之明清王朝是利用一切机会，只要条件许可即实行改土归流。
而明朝的话，要知道明代的改土归流是明朝中叶前后才开始的，在一些具备改土归流条件的地区进行，一般改流的规模较小。
在贵州地区的改土归流是从1413年永乐十一年开始，废思南、思州二宣慰司，并邻境之地设思州、思南、镇远、铜仁、石阡、黎平、乌罗、新化八个流官府。
1415年永乐十三年因普安安抚司“土酋慈长谋为不轨”，改设普安州，归流官管辖。
1431年宣德六年因永从蛮夷长官司土司死后绝嗣，无承袭者而被改为永从县。
正统年间流官势力已深入控制了安顺、普定，这些地区实际上已经改流。
1497年弘治十年由于金容金达蛮夷长官司土官“何伦父子罪死”，改设流官。
1612年万历四十年金筑安抚司土舍金大章请求改流，改金筑安抚司为广顺流官州。
1628年崇祯元年在贵州宣慰司的宋氏洪边十二马头水东地区地区设开州今贵州省开阳流官州，水西地区安氏势力已经衰落，流官实际已控制了贵州宣慰司土司地区。
明朝在四川的改土归流是从弘治年间开始的。
1495年弘治八年马湖“土知府安鳌有罪伏诛”，遂改马湖土府为流官知府，但知府驻地以外的泥溪、沐川、平夷、蛮夷4长官司仍然是土司的势力范围。
1573年万历元年明军剿平山都掌地区的水都、山都后，改该戌县为兴文流官县。
1600年万历二十八年明朝在镇压了播州宣慰使杨应龙的反叛后，“分播地为二:属蜀者曰遵义府，属黔者为平越府”，原属播州宣慰司的2安抚司、6长官司亦同时全改设流官。
1623年天启三年由于永宁土司奢氏长期侵夺邻境，并发动叛乱，明朝在镇压了奢崇明的叛乱后，将永宁宣抚司改土归流。
明朝在云南的改土归流是从正统年间开始的。
1443年正统八年鹤庆土府土官高氏长期“屡逞凶恶，屠杀士庶”，并不断发生争夺土司职位的仇杀，于是明朝便宣布高氏领地内“户下人口收籍当差，止令流官管事”，改鹤庆土府为流官知府。
1477年成化十三年由于寻甸土府土司统治势力的衰落，土官为保其统治而发动叛乱，加上土司家族长期为争夺土司职位而仇杀，导致土官统治的灭亡，明朝借机将寻甸土府改为流官知府。
1481年成化十七年因广西土知府昂贵有罪革职，改为流官知府。
1553年嘉靖二十二年元江土司那氏族人争夺土司职位，被明军镇压而在元江第一次设流官知府。
1567年隆庆元年在平定武定土知府凤继祖的叛乱后，改为流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。
1597年万历二十五年顺宁土知府猛廷瑞与其兄争夺土司职位，被诬告为反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改为流官知府，并改大侯土州为云州流官州，隶属顺宁府。
明代在广西改流较早，从洪武年间就开始了。
据统计整个明朝在广西地区改土归流共16处。
1368年洪武元年将忻成土司改为流官知县;1505年弘治十八年上思州黄姓土司“叛服无常”，被明军讨平后改设流官知州。
嘉靖年间因思恩土府土官岑濬屡出兵侵掠邻境，明朝出兵征讨，杀了岑濬，改设流官知府。
明朝的改土归流主要在贵州、四川、云南、广西4省进行，其它地区的改流并不突出。
明代的改土归流总的说是不彻底的，并曾遭到土司的强烈反抗，因而出现了许多反复，在许多改设流官的府、州、县中，流官政权很不巩固，有的土司地区设流官后，因为各种原因而出现了复流为土的现象。