而尚未改流的部分土司，到民国时期，民国政府继续实行改土归流。
在广西，民国初年改流的有太平土州、都安、隆山、思乐、凤山等土司。
李宗仁、黄绍竑、白崇禧统治广西后，又继续改流，到1929年民国十八年广西改流全部结束。
民国时在云南沿边地区继续改流，设县或设治局，1913年在西双版纳设“行政总局”，1925年又将“行政总局”改为“思普殖边总办公署”，在西双版纳地区设立车里、佛海、五福、镇越、象明、普文、卢山7个县。
1913年在德宏地区设行政区，次年又设潞西、瑞丽、盈江、梁河、陇川、莲山6个设治局，将原土司置于流官县或设治局的管辖之下。
同时又在双江、澜沧设县，在沧源、耿马置设治局，云南改流全部结束。
至于改流对土司的善后处理的话，清朝的改土归流分为两个步骤，即一为改设流官，一为对被废土司的善后安置，“一依流官之例，倘罪应斥革，即以流官代之，然后选用循良，善加抚恤”。
清朝对改流土司的善后安置极为重视，鄂尔泰云:“今大局甫定，诸务须筹，安辑调停更非易事，若不用猛力，断难图成;若不具恒心，终难善后”。
因此鄂尔泰建议清朝要下大力来做被革职土司的善后事宜，其目的在“要使已归者改流者无旧主之思，未归者未改流者生欣羡之意”。
清政府对被革土司只有少部分罪恶极大者施以重刑，对绝大部分被革土司根据不同情况采用怀柔宽大处理，以便笼络人心，安定地方。
对以罪革职者之土司的安置。
在清史稿刑法志二载:“改土归流之土司犯，将家口实行迁徙，然各有定地，亦不限千里也。”
对被迁徙的土司又视所罪之轻重区别对待，“有犯斩绞重罪者，其家口应迁于远省安插;犯军流者，土司于家口应迁于近省安插”。
也就是使其离开原居住地，目的是不让改流的土司东山再起，又复生事。
因此所迁土司有一部分在本省安置，大部分迁入内地省分，如江苏、安徽、浙江、江西、河南、陕西等省。
仅安徽1省就安置了广西、贵州改流土司21名。
对被迁土司在生活上予以照顾，规定“每十人拨给官房五间，官地五十亩”。
清世宗胤禛曾敕谕各地方官吏对被迁土司给以关照，以示“皇恩浩荡”，使其感恩戴德，消除思乡之情。
清朝的这一措施割断了土司与原居地的联系，对安定改土归流地区的社会秩序起了一定的作用。
而对恭顺王司的安置的话，对自愿请求改流或自动交出土司印信者，清朝政府一般均给以优厚待遇。
像是在鄂尔泰的奏疏中即明确规定对于投献者“但收其田赋，稽其户口，仍量以养赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励”。
湖北、湖南改流土司大都得到如此待遇，不少改流土司被授予千总、把总。
例如永顺宣慰使彭肇槐还得到清政府赏银1万两，被授予参将职。
这样的安置不仅安定了已经改流地区的社会秩序，而且还吸引了未改流地区土司主动请求改流。
清朝选派了能力强同时又较廉洁的官吏任改流地区的官员，以便缓和与当地人民的矛盾。
军事上在各地增设营汛，派兵戍卫以加强控制，同时又设保甲制度，稽查户口。
经济上实施丈量土地，编丁纳赋。
文化教育上，提倡立学校，设教职，劝各民族的子弟入学，并规定各民族参加科举的定额。
这些政策的实施促进了改流地区社会经济文化的发展。
当然，已经说了，之所以改土归流的目的，从表现来看好像是明清政府为了解除土司对各民族人民的残酷压迫和剥削，然而改流的真正目的并不在此，其真正目的在于:“剪除夷官，清查田土，以增赋税，以靖地方”。
很明显，改流的目的有三:
首先是在政治上废除土司的统治，打破土司分散割据的局面。
其次是经济上在土司地区实行科田纳粮，变土司对土民的剥削为中央王朝直接进行粮赋的剥削，以增加经济收入。
以及军事上解除土司的武装和收缴土司的武器，以防止地方人民的反抗，加强对地方的直接军事控制。最终目的就是要对土司统治的各民族地区实行直接的统治。
从改土归流的目的来分析，改流就是在政治上除去土司的世袭制，在经济上取消奴隶制和封建领主制的残余，这就是说改土归流是土司统治地区各民族政治、经济制度上的一种变革，对各民族地区社会政治、经济、文化有着较大影响，归纳起来其影响有4个方面:
第一，有利于统一多民族国家的巩固和发展。
改土归流消除了各地土司分散割据的封闭局面，各土司地区完全纳入了中央王朝的直接管辖之下，交通道路的畅通，加强了各民族地区人民之间的来往，湖北来凤县“自改土后，披荆斩棘，行李往来，遂为三省之要衢，四冲之捷径”。
湖北施南地区则是“商贾多江西，湖南之人”，“川、鄂、湘交界各族人民互通有无，密切交往，湖广、四川、江西、陕西、江、浙、闽、粤的商人和官吏皆来湖北，有的还定居下来，形成了一个多民族汇合的地区”。
土司被废除后，清政府可以对原土司统治下的人民进行户籍清查，登记编册，转到清政府的直接控制之下，并将原土司的庄奴释放为自由农民，如云南丽江土府改流后释放了原木氏土司的庄奴2000余人;湖广容美土司改流后，追释了原被掠保靖良民500余人。
原来的那种依附关系不存在了，成为清政府的直接编民，这对缓和社会矛盾，促进生产的发展起了一定的作用，也就有利于多民族统一国家的发展和巩固。
第二，革除了一些旧制陋规。改土归流过程中清政府对土司地区一些旧制陋规作了一些改革。
首先是革除土司的苛派和特权剥削，诸如“火坑钱”、“锄头钱”、“烟户钱”、“年岁钱”、“鞋脚钱”、“修衙门钱”、“破收银”等一律予以革除。