而清統治者要求各改土歸流地區不論民族，一律強制剃髮留辮，禁止火葬，要求服飾、語言等學習漢俗，強迫土民漢化，這類措施雖然有利於統治，但是推行起來卻並不容易。
所以在當時很難被各族人民接受，激起了強烈的抵抗。
但是需要說明，這些強制漢化措施，雖然不被各族人民所接受，但是其中一些相對於原土民落後習俗是有進步意義的。
因此改土歸流後，清政府爲緩和民族矛盾和階級矛盾，實行休養生息政策，力保改流能順利進行。
而各級流官素質高低、能力大小決定着改流歸流地區的安定團結，雍正帝一開始就認識到各級官吏對改流地區的重要性，他要求文武官員需“清正自恃”，不能因爲自身“小利”而耽誤了改流大計，他非常重視新任流官的選拔，要求吏治清明，有大局意識，能很好的保證流官少數民族地區的統治。
鄂爾泰就很好的奉行了任人唯賢的原則，從優選擇流官官吏，要求官吏對待土民要寬大爲懷，慢慢的讓土民“知尊知親”。
但是在這過程中，有些官吏未能很好的履行中央統治政策，反而激起了民怨，雍正五年，鎮沅府署府事劉洪度，急於丈量土地，立法過嚴，致使“冤憤難堪，激發思變”，土民聚衆放火，燒燬了知府衙門，殺死了劉洪度，后辛虧鄂爾泰調兵平定騷，纔沒有釀成大禍。
但這件事給雍正帝和鄂爾泰觸動很大，雍正帝在鄂爾泰的奏摺中告誡到要重視官吏的考察和監督，及時發現官吏的不當措施，馬上撤換或是治罪，避免事態的進一步惡化。
由於雍正帝對官吏的治理得當，在雍正一朝廣大改土歸流地區沒有出現大規模的反抗鬥爭，較好的鞏固了清政府的統治地位，創造了一段時間內的安定社會狀況。
當然，在大規模的改土歸流過程中，爆發局部戰爭是在所難免的，這一定程度上影響了當地的生產建設，在善後措施中，清政府着重恢復生產，建設民生工程，一方面可以起到鞏固統治的作用，另一方面可以有效的行使國家職能，加大對改流地區的開發，這其中主要包括開墾荒地、建設學校和義學。
民以食爲天，清政府鼓勵土民開墾荒地，各縣府都出臺一些鼓勵政策，例如保靖縣對墾荒百畝以上者，重獎。
同時，清政府重視對土民農耕技術的幫助，鼓勵內地農民幫助少數民族開墾荒地，把內地的先進種植技術帶到少數民族地區。
經過清政府一系列的政策支持，大量荒地被開墾，例如鎮沅府一年內新增開墾土地就達四百多公頃，這極大的調動了土民的勞動積極性，也增加了土民收入。
清政府注重對多災害的河流進行治理，興修水利，對一些重要水利工程撥專款治理，保證了農業的穩定。
原土司轄區，土官爲了愚民，嚴格控制上學人數，不但學校設置有限，而且上學只是土司貴族子弟的特權，各族人民幾乎沒有讀書的權力。
在改土歸流之後，清政府打破土司教育資源壟斷，增設學校，規定名額，同時放寬入學標準，在某些學校專設少數民族子弟名額，推行儒學，鼓勵通過科舉考試進入仕途。
這種少數民族子弟經過學校教育，通過科舉考試走上仕途，既熟悉當地少數民族情況，又經過封建思想薰陶的官員，逐漸補充到流官行列，成爲清政府在改土歸流地區維護統治的政治人才，有效的鞏固了統治根基。
可以說，清雍正帝在西南少數民族聚居地區實行的大規模改土歸流，範圍之廣大、影響之深遠，是空前的。
它廢除了土司統治變爲中央直接派流官管理，對這些地區的政治、經濟、文化產生了深遠影響。
同時在政治方面，清政府進一步加強了中央集權。
改土歸流的實施剪除了大土司，極大的削弱了西南土司割據勢力，打破原來土司“驕橫恣縱、割據一方”的普遍現狀，增強了中央政府對西南地圖的直接控制，一定程度上打破自我封閉和瓦解了地方割據，有利於統一多民族國家的鞏固和發展。
要知道在實施改土歸流以前，土司割據勢力在西南地區根深蒂固、錯綜複雜，使中央的政令難以得到有效的執行，極大地影響了中央對這一地區的有效管理；而土司之間勢力大小不一，經常發生叛亂、武裝衝突及兼併戰爭，這不僅危機黎民百姓生命安全，也不利於社會治安的穩定，同時也限制了當地經濟發展。
經過清大規模改土歸流之後，土司割據勢力遭受到沉重打擊，像是雍正八年，清在對思明府改流時，繳獲軍器2萬多件，使“三省邊防皆定”，這有利於消除這一地區動亂的根源。
改原土司統治爲流官管轄，使中央進一步鞏固對西南地區的統治，對改流後原土司貴族採取合理的善後措施，使土司貴族勢力日微，有的以徒有虛名，很難再興波瀾，保證了中央政策實施的連續性和有效性。
也正是清雍正時期大規模改土歸流的成功實施促成了中國古代封建王朝的最後一次盛世“康乾盛世”。
而且一方面，瓦解了封建領主經濟基礎，一定程度上打破封建農奴的人身束縛，解放了勞動力，使相對先進的封建地主制生產關係得以建立。
原土司轄區，土民不能隨意脫離居住地，土司私設關卡，對不交稅入境的，大多采取極端手段。
日常生活中，土官把持一方，稅率自定，巧設稅收名目，對土民肆意徵稅剝削。
實行改土歸流後，當地少數民族只向國家交納賦稅，取消其它苛捐雜稅，稅務負擔大爲減輕，對新開闢的地區，清政府多實行低稅或免稅，這些措施對恢復當地經濟生產及樹立新政形象具有積極的促進作用。
另一方面，改土歸流後，極大地促進了內地與少數民族地區經濟交往。
內地先進的紡織、冶煉等先進技術廣泛傳播開來，土民開墾荒山、種植糧食作物，使少數民族經濟結構進一步優化，推動了社會經濟的大發展。
改流後，清政府把原土司轄區的土地收回，有利於安置外來流民，爲發展當地經濟創造了有力條件，這也有利於清政府在西南地區得到更多的稅收。