本來“改土歸流“的目的是“駕馭束縛，藉此招徠，使其接受正朔，不致叛亂，逐步做到不戰而降，不削而弱。
“然而當時吏治不清，流官中飽私囊，加之土司的剝削極爲殘酷，使得當時的少數民族邊民生活極爲艱難，故在土司所統治的少數民族地區暴亂不斷。
到了清乾隆年間，川，黔一帶貧苦農民因受官府地主壓迫，失去產業，來到此地幫工，或佃耕，或行商，或開辦作坊。
有的積蓄銀兩，向土司購買土地，居住下來。
到了嘉慶年間17961820年，高土司出賣土地越來越多，因而使一部分傈僳族，傣族農民無田可耕。
這最終導致了道光元年的唐貴起義，這次起義規模很大，世居於當地的傈僳族，傣族，彝族青壯年男子大都參加了義軍。
最終，清政府動用貴州，四川和雲南共3萬多官軍當時雲南全省一共只有3萬多官軍纔將此次起義鎮壓。
鎮壓此次起義僅從雲南藩庫的提銀就達13.5萬兩，而當時雲南實徵的稅銀只有12萬兩。
此次起義，雲南提督張鳳等多名官員被撤職，土司高善被處斬。
此次起義後，清政府在永北直隸廳增設了舊衙坪經歷署，派流官鎮守。
並規定土司永遠不準再出賣少數民族耕種田地。
光緒十九年1893年，永北又爆發了針對高土司的丁洪貴起義，此次起義，土司高履坤被殺。
光緒二十五年1899年，末代土司高長欽承襲土司職位。
毗時，永勝的流官已經掌握了權力，高長欽的土司職位已經成了虛職。
原來屬高土司管轄的地區已經不再向他們交租，他們的稅賦由朝廷流官領導下的政府直接收取。
儘管這樣，土司的職位還是得到了保留。
高土司歷史的終結終於一場關於寺院租金的官司。
當時的永勝縣城裏寺院比較多，比較有名的有靈源寺，無垢庵，寶積殿等。
這些寺院一直由高土司家管理，其中店鋪的租金也由高土司家收取。
隨着高土司家權勢的減弱，租金的歸屬問題爭議越來越大，最終導致了一場官司。
後來，這場官司打到了縣府，判決結果爲寺院爲公有財產，高土司家不再收取租金。
由於高長欽在訊堂上出言不遜，當時的流官楊廳丞給省府寫了一份報告，要求對高土司家徹底改土歸流。
光緒三十四年正月二十二日，時任雲貴總督錫良上奏朝廷:“雲南永北直隸廳屬北勝土知州高長欽，驕奢淫逸，暴戾恣睢，苛虐夷民，迭被控告，查北勝土州地方，關係緊要，前經奴才奏請改流，並聲明仍留土州原銜，准予世襲在案.現襲土州高長欽既屬苛虐不職，未便稍事故容.相應請旨斥革，仍照改流原案，準其另楝夷衆悅服之人，承襲職銜，以示體恤。”
光緒三十四年1908年二月，朝廷“以暴戾恣睢，革雲南北勝土知州高長欽職。”
至此，曾經權傾四方的高氏土司的歷史正式終結。
同時，說到高氏土司，還不得不提一下的是其中的後代之一高玉柱。
高玉柱爲末代土司高長欽之女，出生於1906年，年幼時，家中設有私塾，高玉柱從小聰明伶俐，才智過人，詩詞歌賦，琴棋書畫，躍馬狩獵，無不熟悉。
時人稱爲滇西才女，閨中俊傑，其所着詩詞，繪畫甚多，今仍有部分在民間流傳。
從1936年開始，高玉柱和雲南少數民族喻傑才以西南沿邊土司，夷苗民衆代表的身份在南京共進行了數次請願活動，請願期間，高玉柱受到了當時很多政府要員和社會名流的接見。
在南京和上海期間，高玉柱在電臺，大學，學術交流會等場所進行了大量的演講，中央日報，申報和北洋畫報等媒體對她的活動進行了報導，邊事研究，西南評論等刊物也對他的請願活動進行了報導和評論。
1938年l2月，高玉柱與嶺光電，楊砥中等人又申請成立西南邊疆民族文化經濟協進會，並獲得批准。
1940年秋，高玉柱和喻傑纔在貴州的畢節發起組建“西南夷苗民族解放大同盟”，提出了大同盟關於開發西南夷苗民族地區政治，軍事，經濟，文化建設的四大方案。
後來，“大同盟”被誣衊爲是“夷苗民衆組織暴亂”，被貴州省政府下令取締。
1942年初，她被國民政府任命爲西南邊疆宣慰團少將團長，對雲南，貴州，廣西，西康等省的土司和少數民族頭人宣傳民族團結，鞏固邊疆，一致抗擊日本帝國主義的侵略。
高玉柱1942年病逝，雖然她未曾做過土司，但高玉柱以土司的身份進行的活動在民國期間的影響力遠遠超過了一個普通的土司，她對中國西南少數民族民族意識的喚醒起到了非常重要的作用。
總之，高氏土司的興衰和中國土司制度的變遷息息相關。
高氏土司的每一次重大轉折點的出現看似偶然，其實都和中央王朝的“改土歸流”有着直接或者間接的關係。
當然，已經說到民國時期了，的確，其實改土歸流並不是古代封建王朝的事情，在那時並沒有徹底完成，是一直到民國時期，才徹底完成。
的確，這是真的，清朝時期雖然進行了大規模的改土歸流，但是並沒有徹底完成，還有一些遺留下來的，算是封建殘留吧。
所以到了後面的民國時期，也進行了一些更徹底的改土歸流措施，才消除這種封建殘留。
舉個簡單例子，在民國時期，雲南邊疆執行實際管轄的土司爲政府所關注，雲南地方政府陸續實施了若干改土歸流措施，因此，還保留較爲完整的南甸宣撫司也在改流的衝擊下發生了巨大變化。
雲南邊疆民族地區的改土歸流，早在明代已見諸史籍，清初，中央政府在鞏固對雲南邊疆統治的過程中，乘機在某些地區實行了改土歸流。
雍正四年1726年，清政府任命鄂爾泰爲雲南巡撫兼總督事，在雲南推行了規模巨大的改土歸流。
但由於雲南邊疆民族地區社會，經濟發展水平極不平衡，清政府的統治勢力還不夠深入，環境較爲惡劣等因素，鄂爾泰提出以瀾滄江爲界，“江內宜流不宜土，江外宜土不宜流“