就先之前說的，作爲一種政治制度，在它的初期和中期曾有過進步性，例如在推動南方各民族社會經濟發展中起過一定的作用。
但是土司制度到了後期，隨着各民族社會經濟的發展，其落後性和腐朽性開始暴露出來，特別是到17世紀末其腐朽落後性越來越暴露無遺，成爲南方各族社會發展的障礙，最後走上了崩潰滅亡的道路。
土司制度發展到15世紀末16世紀初，由於各地土司長期在一地自恃雄長，世有其土，世有其民，世有其政，在各自的轄區內獨斷專橫，成爲稱霸一方的統治者。
而權利慾的不斷膨脹，生活上的日漸驕奢，自然對境內的土民在政治上實行殘暴壓迫，經濟上採取殘酷掠奪，強暴恣橫，爲所欲爲，充分暴露出土司制度的腐朽性和反動性，表現在以下幾方面:
首先是肆虐土民，因爲土司利用對土民的人身依附關係，暴縱，作威作福。“土司殺人，不請旨，親死不丁憂”。
明代雲南永北人劉彬曾寫道:“彼之官世官也，彼之民世民也。田戶子女爲其所欲，苦樂安危，唯其所主。草菅人命若兒戲，莫敢有諮嗟嘆息於其側者。以其世官世民，不得於父，必得於子孫，且數信蓗。故死則死耳，莫敢與較者，嗟此夷民何辜而罹此慘”。
藍鼎元對貴州土司的殘暴有過深刻的揭露:“苗民受土司茶毒更極，可憐無官民禮，而有萬世奴僕之勢，子女財帛，總非本人所自有，土民一人犯罪，土司縛而殺之，其被殺者之族，尚當斂銀以奉土司六十兩、四十兩不等，最少亦二十四兩，名曰玷刀銀。”
有的地方曾改土歸流，但“土司輦賂關稅，又復改還土屬，丁壯舉家屠戮，妻、子沒賣爲奴，其他土部不得不吞聲飲泣、忍受摧殘”。
土司還將土民當牲畜看待，動輒將土民買賣、轉讓或贈送。
李心衡說四川土司“其有規避徭役，不遵土司飭遣者，例最嚴酷，籍沒其家，將其人並家屬分賣各部落爲奴”。
又如唐崖土司覃鼎夫人田氏在遊玩峨嵋山時，將隨身帶去的百餘名婢女，若家奴一樣，沿途擇配，隨意送人。
土司生活糜爛，宴會有女歌舞，“官舍下鄉，令民間婦女歌舞侑觴”，雲南百夷傣族土司“上下僭奢，雖微職亦系銀花金銀帶”，土司“每出入，象馬僕從滿途”。
土司如有嫁娶，土民則3年不敢婚姻。
“其虐使土民，非常法所有，生女有姿色，本官輒入，不聽嫁，不敢嫁人也”。
甚至有的土民結婚土司還要享受初夜權。
土司還私設公堂，嚴刑摧殘土民更是司空慣見，“有事控於本官，本官或判不公，負冤者惟私向老土官墓上痛哭，雖有流官轄土司，不敢上訴也”。
其刑法重罪者皆斬，其餘刑法有宮刑、斷指、割耳，即土司所謂的“蓋奸者宮，盜者斬，慢客及失期會者割耳，竊物者斷指”。
土民往往冤屈受此酷刑，且無處申訴，或有上訴者，土司必派人中途追殺之，因此土民只好忍氣吞聲，受其踐踏。
還有就是超經濟強制剝削。
土司往往藉口向中央王朝繳納錢糧差發銀漁肉土民，如烏撒土司按規定只向王朝激納錢糧不足300餘兩，而土司取於土民者卻百倍，“一年一小派，三年一大派，小派計錢，大派計兩”。
土民所輸丁糧較漢民的多出10倍。
1725年雍正三年雲貴總督高其倬奏:雲南姚安土府土知府於1708年康熙四十七年以進京費用爲名，派索馬銀5000兩，土民拿不出，土司便令土目持械強迫土民寫賣契，以充馬銀。
土司還在各村設立土巡檢，名義是經管地方，實際是暗察各土民、財產、子女，“任意取攜，派累百端”。
土司利用身爲轄區內最高土地所有者的身份，將土地劃分爲莊田和份地勞役田，強迫領種份地的土民農奴無償爲上司耕種莊田，同時土民還要爲土司提供各種雜役。
如廣西土民要爲土司提供禁卒、仵作、吹鼓手、畫匠、裱匠、柴薪、馬草、針線、管水溝、管廁所等雜役。
雲南車裏土司向土民索取的雜役有106種，諸如爲土司擡轎、划船、打旗、養象、養馬、做飯、挑水，甚至要爲土司家死人哭喪和爲土司削大便棍都被列爲應服勞役。
土司還利用特權肆意苛索土民，如貴州冊亨的岑、陸、依、王、週五姓土目對土民的苛索達10餘種之多。
土目過生日，婚喪嫁娶，生子滿三朝，蓋房子，甚至土目的兒子上學、應試等一切費用，從金銀、油鹽柴米到雞、鴨、豬、酒，全部由土民提供。
廣西土官、土目向本地土民額外苛收的物品有棉花、苧麻、黃豆、藍靛、辣椒、雞、鴨、鳥、野獸等，苛派雜役之多，有如牛毛。
此外土司之間和土司內部仇殺侵擾也嚴重影響着土民們的正常生活。
各個土司之間往往因爲爭奪土地、人口、財產，繹常混戰仇殺，“一世結仇，幾世不休”，破壞了生產的發展和人民生活的安定。
1534年明嘉靖十三年容美土司田世爵指令土目田文祖、張琦、周萬雄率兵出境，殺死巴餘縣應捕劉聰、火甲羅延瑞、吳鮮九數人，擄民百餘家。
16571662年清順治十四年至康熙元年四川雜谷土司桑吉朋、阿日土司巴必太與瓦寺土司曲翊之間爭鬥，互相之間劫堡斷橋，殺戮漢、羌人民，擄掠男女爲奴，致使地方聲息不通。
明末清初，百戶土司與卯洞土司力爭奪人口土地爭戰不息，達數十年。
1724年清雍正二年容美、桑植上司率士兵搶掠保靖民財，焚掠村莊60餘處，搶走男女千餘人。
1726年雍正四年“桑植土司向國棟恃強負固，與容美、永順、茅岡各土司尋釁仇殺，貪暴不仁，民不堪命”。
容美土司向九霄每當外出，“民皆閉戶，雞犬無聲”。
土司內部因爭襲之事而互相爭鬥亦累累發生。
廣西恩城州上司岑欽在明弘治年間先與他的叔父田州上司岑溥相仇殺，後又殺了岑應父子，不久岑欽父子又被岑應之弟接所殺，相互爭襲仇殺多年。
這種仇殺紛爭，使人民遭殃，嚴重破壞了生產。