爲了逃避戰爭，同時也是尋求資金來改善俱樂部可悲的財政狀況，巴薩前往墨西哥和美國，有些球員甚至再也沒有回到巴薩，1937年夏天球隊以民主、自由大使的身份受到墨西哥的接待。
1938年5月16日弗朗西斯科·佛朗哥的軍隊進攻巴塞羅那時在巴塞羅那的社交俱樂部投擲了炸彈，造成了極大的損失，幾個月後巴塞羅那被佛朗哥軍隊佔領，巴塞羅那足球俱樂部作爲加泰羅尼亞主義的標誌，會員人數被勒令減少到三千四百八十六人，面臨着巨大的生存問題。
1939年6月29日LesCorts球場爲舉辦一場比賽而正式重新開放，比賽由一大堆軍人和當權者主持，俱樂部在賽前一場演講中聲明自己不再是反西班牙情緒的載體，而是要成爲新政權下西班牙競技的新偶像。
1940年3月弗朗哥政府的官員恩裏克·皮涅羅被任命爲巴塞羅那主席，然後俱樂部的名字被勒令從原來比較英國化的名字FutbolClubBarcelona改爲了西班牙化的ClubdeFutbolBarcelona，直到1973年才恢復了原來的名字，加泰羅尼亞旗上的四道紅槓被勒令減少到了兩道，直到1949年恢復原狀。
1943年對皇家馬德里的比賽中，巴塞羅那隊員受到了裁判和警察的死亡恐嚇，巴塞羅那主席皮涅羅雖然是***分子，但最後厭煩了自己的俱樂部受到了馬德里政府這樣的待遇，最後辭職。
1944年薩米蒂埃執教巴薩，贏得了1944-45西班牙聯賽冠軍，這是自1929年以來球隊首個聯賽冠軍。
巴塞羅那獲得了1944-1945、1947-1948、1948-1949三個賽季的聯賽冠軍，還在1949年獲得了拉丁杯的冠軍。巴塞羅那在1949年舉行了慶祝俱樂部五十週年的慶典，會員達到了兩萬四千人，共獲得了二十一座加泰羅尼亞杯冠軍，九次西班牙杯冠軍，四次聯賽冠軍。
1950年10月匈牙利天才庫巴拉加入巴薩，同時把他獨有的弧線球等技術帶入了巴薩。1951-52賽季巴薩令人轟動的陣容幫助球隊贏得五項不同賽事的冠軍：聯賽、西班牙杯、拉丁杯、EvaDuarte杯和MartiniRossi杯。這支五冠王球隊擁有一羣出色的球員和一位傳奇前鋒：拉馬萊茨，塞古爾，比奧斯卡，薩加拉，岡薩爾沃，巴索拉，塞薩爾，庫巴拉，莫雷諾和曼崇。
1953年巴薩與河牀達成協議，簽下迪斯蒂法諾，擁有該球員的所有權，與此同時皇馬與迪斯蒂法諾當時正效力的米倫拿列奧俱樂部展開談判，在弗朗哥分子的支持下，一個奇怪的結果誕生了，迪斯蒂法諾被規定輪流爲兩家球會效力，巴薩對這個裁定十分不滿，並主動放棄了這名球員。
1950年6月庫巴拉加盟巴塞羅那，球隊獲得了1951-1952，1952-1953賽季聯賽冠軍，還包辦了1951-1953三年的西班牙杯冠軍，在1951-1952賽季巴塞羅那在由巴羅薩、塞薩爾、庫巴拉、莫雷諾、曼科恩組成的鋒線率領下成爲了聯賽、西班牙杯、拉丁杯、馬丁杯、羅西杯冠軍的五冠王，伴隨着庫巴拉、拉馬萊茨、泰加塔和賽博爾的離開，巴薩的五冠王朝宣告結束。
1958-1959賽季及1959-1960賽季先後兩奪聯賽冠軍，1957-1958賽季及1959-1960賽季更獲得了博覽會杯，1961年巴塞羅那在聖西羅擊敗AC米蘭，首次打進歐洲冠軍盃歐洲聯賽冠軍盃決賽，但二比三敗給葡萄牙本菲卡足球俱樂部。
1968年西班牙杯決賽，巴薩在伯納烏以一比零擊敗皇馬取得勝利，完場前幾分鐘的時間，觀衆向巴薩球員投擲玻璃瓶，所以這場比賽又稱爲“玻璃瓶決賽”。
1969年蒙塔爾贏得選舉成爲俱樂部主席，他的計劃是堅持全民參與，他灌輸一種所有會員都能通過選票反映自己想法的理念。1972年諾坎普通過揚聲器播放加泰語，俱樂部新聞也開始用加泰語，1973年俱樂部恢復原有的名字：巴塞羅那足球俱樂部。1973年蒙塔爾再度被選爲主席，他的競選標語是“巴薩不僅僅是一傢俱樂部”。
1973年巴塞羅那簽下了荷蘭足球傳奇人物克魯伊夫。1973-1974賽季巴塞羅那獲得了聯賽冠軍，爲俱樂部七十五週年慶典獻上了大禮，這時的巴塞羅那已經擁有了六萬九千名會員，成爲當時世界上最有影響力的足球俱樂部。1974年2月17日巴薩在伯納烏五比零大勝皇馬，並獲得了1973-74賽季的西甲冠軍，算是結束了十四年的低谷。1978年巴塞羅那獲得了西班牙國王杯冠軍，1978年5月6日約瑟普·劉易斯·努涅斯當選巴塞羅那主席，自此他亦成巴塞羅那在任最久的會長。
1979年5月16日巴薩與杜塞爾多夫在決賽中相遇，這場史詩般的比賽一直踢到加時，巴薩四比三勝出奪得優勝者杯冠軍，這是努涅斯擔任主席期間的首個冠軍頭銜。1981年3月1日球隊的最佳射手恩裏克-卡斯特羅，在自己家門口被綁票，他被關了二十五天，期間球隊上下全都團結起來。
基尼被綁架對球隊產生了巨大的心理影響，雖然失去了前鋒，球隊仍被要求繼續踢聯賽，但已經失去了爭冠的可能，巴薩支持者組織了一次盛大的遊行示威要求釋放基尼，最終他在3月25日被釋放。
1982年馬拉多納加盟巴薩，但是因爲肝炎和一連串傷病，馬拉多納在巴薩並沒有取得預想中的成績。