（1）幼年頻受“恐懼症”折磨
森田正馬出生於日本高知縣農村，他父親森田正文是個武士兼農民的“鄉士”，年輕時曾任小學臨時教師，因此對子女的要求十分嚴格，尤其在長子森田正馬身上，父親寄予了很大的期望。
小時候，森田正馬的父親就手把手地教小正馬讀書、寫字，5歲時就送正馬上了小學。每天，森田正馬一放學回家，父親就讓他誦讀古文和史書。而森田正馬也酷愛讀書，由於天資聰穎，還被人稱作“神童”。然而，這樣的幼年學習一直持續了5年，到森田正馬10歲時，父子之間的矛盾終於爆發了。那時候，父親給小正馬定下的學習計劃非常嚴格，晚上如果背不完書，父親便不允許他睡覺。對於一個孩子而言，白天在學校的學習壓力已經很大，功課本已十分緊張，回家之後，父親還強迫他背這記那。漸漸地，小正馬變得厭煩起來，開始越來越討厭學習。如此惡性循環下去，甚至每天早晨，小正馬都是又哭又鬧，纏着大人不願去上學了。到小學畢業時，他的學習成績產生了很大退步，於是厭學情緒越來越嚴重。
更加雪上加霜的是，森田正馬的性格，較常人來說顯得格外敏感。舉個例子：在他10歲時，有一次，他去村裏的寺廟裏遊玩，無意中看到描繪着各式恐懼的地獄圖景的的圖畫。這些恐懼的場景，在他的心裏留下了難以磨滅的印象——這就是後來森田理論中關於“死的恐懼”一說的來源。
從此，他經常對死亡產生恐懼感，導致夜裏也難以入眠，還常常會被噩夢驚醒。這一切，也與父親總是強迫他學習有關。
14歲時，森田正馬進入高知縣縣立中學讀書，並寄宿在母親的一個朋友家裏。但是，他的成績並不理想。相反，在上初二時，他不幸患了心臟神經症，學習成績一落千丈。
後來，由於父親經常在學費問題上給森田正馬許多限制，他一氣之下，跟着朋友離家去了東京。經過一番努力，終於考取了郵政電信學校。這時，他雖得到了父親的學費支持，卻遭遇了又一次打擊——他得了很嚴重的腳氣病，漸漸地，連走路也變得十分困難，不得不整天待在寄宿處。不得已，他只得輟學回到家鄉。這時，森田正馬第一次感到了恐懼症的可怕。一次，他得了傷寒症，臥牀休息時，突然感到心悸難忍，並強烈意識到自己可能會死去。從此，他常常經受這種痛苦心理的折磨，成了診所的常客。
（2）青春期爲種種神經質症所累
森田正馬曾在文章中剖析過自己的神經質傾向。他寫道：“我在12歲時，常常爲患夜尿症而苦惱，16歲時，又患了頭痛病，常常出現心跳過速的症狀，而且容易疲勞。這些都令我總是擔心自己的病，是所謂‘神經衰弱症狀’。幼年時，因爲患夜尿症，爲了不弄溼被褥，我總是鋪着草蓆睡覺。當有人故意問我‘鋪上草蓆幹什麼’時，我總是生氣的回答說‘爲了夜裏不尿炕’。這種回答，其實是對大人故意的嘲笑挖苦的一種反抗，每當我這樣說的時候，內心總是十分的難過。”
這種情緒對森田正馬的一生影響至深，後來，他在著作中寫道：“不要譴責孩子的夜尿症，你越是譴責、挖苦孩子，孩子的症狀就越惡化”。之所以這麼寫，也是基於他自己的切身體驗。
由於爲自己的夜尿症深感自卑，森田正馬從小即有着深深的自卑感。後來，當他聽說當
25歲時，森田正馬考入了著名的東京大學。在大學初期，他曾去東京大學內科看診，並被醫生診斷爲神經衰弱和腳氣病，於是不得不經常服藥治療。大學一年級時，有一次，父母因農忙，忘了給他寄生活費，在兩個月裏，森田不得不緊衣縮食度日。他誤以爲父母不支持自己上大學，併爲此氣憤不已，甚至一度想要當着父母的面自殺。
好在沒過多久，他又改變了想法，暗下決心，要不顧一切地拼命學習，幹出個樣子來讓家裏人看看。這個時期，因爲抱着不顧一切的態度，森田正馬完全放棄了藥物和其他治療手段，只是一門心思埋頭苦讀。結果，他的學習成績突飛猛進，甚至連他自己也不敢相信。最令他感到意外的是，就在這段時間內，困擾他多年的腳氣病和神經衰弱等症狀也不知不覺地消失了。
對於這種奇異的現象，森田正馬思考良多。爲此，他曾撰文道:“曾經，有兩件事對我的精神世界造成了重大轉機，一是在太多的關注死的體驗下參加這次考試；二是高中二年級時的某夜，飲酒之後被友人用刀砍傷之事”。
以這次考試爲轉機，接下來，森田正馬的頭痛也消失，神經症也好轉了。
（3）專攻精神療法成績卓著
嚴重的神經症憂患，讓森田正馬從自身經歷中受到啓發，決心從事精神衛生領域的工作。
1904年，森田正馬進入東京大學醫學院，專攻精神療法。大學畢業後，先在東京帝國大學醫科大學擔任助教，後在東京慈惠會醫學院任吳秀山教授的助理。同時，在吳教授所主持的巢鴨醫院兼任作業療法主任，不久升任醫學院講師。
在醫療實踐中，森田正馬對當時認爲治療神經症有效的各種療法進行驗證，嘗試運用藥物治療、說服療法、催眠療法，均未收到預期效果。最後，他從當時的主要療法，如安靜療法、作業療法、生活療法中吸取精華，並把各種療法有機地結合，創造了他獨特的精神療法。
1917年，他與中村古崍共同創設日本精神醫學會。1919年，他開始嘗試家庭療法。1920年，出版《神經質及神經衰弱的治療法》，森田治療法正式誕生。1921年，他又出版了《精神療法講義》。1924年8月，森田正馬獲得了醫學博士學位。
1930年，在森田正馬的主持下，成立了神經質研究會，是森田治療法集體研究的開端，同時發行新雜誌《神經質》。1932年，他接管地熱海一家旅館，改名爲森田館，兼爲旅館及精神治療所用。
那些影響至深的個人經歷，導致森田正馬後來提倡神經質的本質論，包括疑病素質論。所謂的神經衰弱，並不是真的衰弱，而是假想的主觀的臆斷。神經質患者，本能上是有很強的生存慾望，是努力主義者。
其中，最重要的是，森田先生髮現了“放棄治療的心態”，對神經質具有治療作用。從他的個人經歷可以看出，森田療法理論基礎的內容，全都是他自己痛苦體驗的結晶。
1937年，森田正馬從自創的森田館正式退休。
1938年4月12日，森田正馬因患肺炎病逝，享年64歲。