每年大明要從南方調集大量糧食北上，在京杭大運河這條線路上，有極大的損耗。而江南地區，又因爲商品經濟的發展，土地大量種植經濟作物，導致江南糧食此時也不能自給自足。
此時連江南的糧食，都要從湖廣供應。
北方糧食不足，對國力影響極爲巨大。
徐光啓儘管身爲東林黨，但卻是東林黨當中少有的一片人才，大明的危機也看到了一部分。
此時皇帝要整頓北方農業，而且資金衆多，這讓徐光啓怎能不激動。
加上此時朱由校還沒有開始在朝中排斥東林黨，徐光啓自然是直接接接下了皇帝的任命，開始到皇家農業公司給孫承宗當副手。
有了徐光啓的加入，孫承宗馬上就輕鬆多了。這天孫承宗進宮面聖的時候，在朱由校面前對徐光啓稱讚了一番。
“徐光啓此人，在屯墾方面極有經驗，老臣看來，農業公司大可交給徐光啓掌管，必然可以井井有條。”孫承宗對朱由校建議道，“老臣正好抽出手來，先對京營整頓一番。”
“老師，京營該如何整頓呢？”朱由校問道。
“京營如今雖有三十萬，然而能戰者不多。以臣看來，不如將老弱裁汰出來，在京城郊外開墾軍屯。如此一來，便可解決京營老弱滿營的問題。再有，京營拿着朝廷軍餉，軍屯幾乎不需要支付什麼成本。”孫承宗將整頓方案詳細的敘述了一番，“等軍屯開墾出了足夠的土地，不僅朝廷可以甩掉這些士兵的軍餉包袱，每年還能爲朝廷增加一筆軍屯收入。”
“這個主意不錯。”朱由校眼前一亮，拍手稱讚。京營士兵的營房都被商家侵佔，在城裏拿着那麼點軍餉，日子也不好過。還不如讓京營士兵去屯田呢！這樣京營士兵的日子也好過，而朝廷也可以減少負擔、增加收入。
最重要的是，這樣的開墾，不需要朱由校出一分錢，全是由朝廷財政支撐。收入儘管也是歸入戶部，但朝廷的不就是皇帝的。等收拾了東林黨，財政方面自然是皇帝說了算，現在先讓東林黨跳幾天。
於是朱由校聽從孫承宗的建議，將皇家農業公司交給了徐光啓管理。同時找機會整頓京營。
徐光啓接任孫承宗的管理大權後，憑藉他在屯墾經驗，以及農業技術、水利技術，果然將皇家農業公司的屯墾活動管理得井井有條。
“啓稟皇上，徐大人上奏說，前來報名屯墾的百姓越來越多，恐怕過不了多久就會超出第一期的屯墾計劃所需的人數了。”李進忠這天拿了個奏摺對朱由校稟報道。
“人數太多？”朱由校感覺這是好事啊！屯墾不就能順利完工嘛！接過奏摺一看，才發現局勢有點過頭了。
因爲皇家農業公司開出的條件對老百姓來說吸引力太大了，要知道如今很多佃農，很多隻有十幾畝地，而且要上繳的佃租很多高達一半的程度。相比之下，皇家農業公司只要交三成的佃租，而且有三十畝地。
佃租就算是高達五成，如果有三十畝土地，農民再發展一下副業，日子都能過得不錯。何況只有三成佃租。而且這些土地，還都
甚至是一些自耕農，也因爲自己的土地水利設施不好，也希望能夠將自己的土地併入皇莊之中。
如此一來也就造成了人滿爲患的現象。
“擬旨，讓徐光啓先安置流民，有地可耕的佃農先不予全部招納。另自耕農願併入皇莊者，佃租改爲二成。”朱由校對李進忠說道。
“是，皇上。”李進忠拿起毛筆，寫了道聖旨，進行了潤色，然後發出宮外。
皇家農業公司的屯墾確實是出奇的順利，不僅流民四方來投，連佃農、自耕農都被吸引而來。勞動力馬上就不缺了，屯墾活動熱火朝廷的進展開來。
徐光啓按照第一期屯墾計劃的521畝土地，招募了17.3萬戶人。
皇莊的管理方面，以前是宮內太監負責。後來出現了欺壓佃農的現象，所以進行了改革，行政管理交給了當地官府。
這次屯墾的皇莊，行政管理方面依舊是由地方官府負責，但宮內卻有插手。而且子粒銀折色方面，卻是直接取消了。交租不像以前，佃農也把糧食運到官府指定地點進行折色，然後換成子粒銀上繳皇帝的內帑。而是直接徵收糧食，同時佃農產出多少就徵收多少，沒有定額之說。
也就是說，佃農的土地，一畝若能產出2石小麥，那麼就按照2石小麥的三分之一來徵收。若是隻產出1石，那就按照1石徵收。
具體交多少糧食，等到夏收、秋收之時統一覈實。
皇莊行政管理任命則是由皇家農業公司負責，在皇莊推行保甲制，即一百戶設一保長，十保爲一莊。
相當於，每個皇莊擁有3萬畝土地。
每個皇莊常駐一個農業技術人員，負責農業生產指導，並組織佃農在農閒的時候，對水利設施進行維護。到夏收、秋收之時，皇家農業公司再派人手，對農民收穫的糧食進行統一過秤，然後確定所要繳納的糧食多寡。交上來的糧食，則直接賣給曹金玉負責的糧行。同時也由曹金玉負責收購這些糧食。
同時每個皇莊，春季都種下三畝紅薯的政策，徐光啓也是極爲贊同的。三畝地的紅薯，在災年足夠讓農民撐過半年時間。
除了本次準備開墾的521萬畝荒地，此前皇莊的土地，還有300萬畝左右，每年徵收子粒銀才20萬兩。
這其中的利益，明顯被商人給拿去了。
所以這三百萬畝皇莊土地，此次也都併入了皇家農業公司進行管理。同樣推行保甲制，同時對水利進行修繕，佃租也定爲三成，不再送到官府進行折色。
這300萬畝皇莊的土地的整頓就不需要太大的成本，而且這些皇莊位置較好，水利再修繕一番，收成是十分不錯的。就算是每畝1石的產量，一年下來也能收取100萬石的糧食，按照0.7兩白銀1石的價格，每年可以收入70萬兩白銀。
朱由校則在等待，尋找整頓京營的契機。只要整頓京營，他就能將京營控制在手中。再加上手上的騰驤四衛，朱由校就真正有和東林黨抗衡的本錢了。