慈禧太后觀馬新貽遺折，悵然道：此事豈不甚奇？
慈安太后道：此事甚奇，務必嚴查！
奕訢道：馬新貽被刺身死，江南庶務冗繁，非曾國藩不能坐鎮料理。
慈禧太后道：速發諭旨，著曾國藩調補兩江總督，曾臣未到任前，江督一職，暫由江寧將軍魁玉署理，魁玉務必督同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦。
慈安太后道：曾臣既去，天津之教案，孰能善後？
慈禧太后道：左宗棠公而忘私、馭下有方；陝甘茴亂，左臣獨力可支。李鴻章屯紮秦隴，實屬多餘，著其署理直隸總督一職，即刻督飭江淮將弁，馳赴天津，悉心處理天津教案。再傳諭旨，曾國藩不可稍有懈怠，務必馳赴金陵坐鎮。
曾國藩聽聞馬新貽遇刺，心不能靜，俄爾睡去，醒後已是黃昏，悵然道：一燈熒然，幾於奔赴黃泉；縱心湛然，然外患復加內憂，如此之綿延不絕，自忖已無能爲力矣！餘目疾已不能服官，趁此儘可引退，何必再到江南畫蛇添足。
翌日，丁日昌上門拜訪。
曾國藩道：月課武職之際動手殺人，確屬膽大；爾與馬新貽有隙，事前知否？
丁日昌道：啓稟滌帥，膝下逆子屢生事端，爲害一方，馬新貽秉公辦理，吾心再狹，斷不敢以此害命。日昌無能，教子無方，還請滌帥訓斥。
幕客趙烈文道：啓稟滌帥，聖旨既至，滌帥正宜藉此抽身，坐鎮江南。
曾國藩道：天津之教案，吾已內負疚於神明，外得罪於清議，遠近皆唾罵，而大局仍未能曲全。江馬遇刺案，最壞之果，吾曾家九族被誅；然豈可因一族之生死，復致江南之大亂！吾目盲不能識途，氣衰不便上路，吾即上謝調任江督因病開缺折，就於此熬煎待死耳！
曾國藩託病不就，慈禧太后無奈。
八月下旬，兩江署督、江寧將軍魁玉上疏曰：拿獲行刺之兇犯張汶祥，始則一味混供，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐。
慈禧接旨，怒曰：惟以兼圻重臣，督署要地，竟有不法兇徒潛入署中，白晝行刺，斷非該犯一人挾仇逞兇，已可概見。現在該犯尚無確供，亟須徹底根究。著張之萬馳赴江寧，會同魁玉督飭司道各員，將該犯設法熬審，務將其中情節確切研訊，奏明辦理，不得稍有含混。
午後，兩宮又諭：張汶祥行刺督臣一案，斷非該犯一人逞忿行兇，必應徹底研鞫，嚴究主使，盡法懲辦。現審情形若何，魁玉此次折內並無提及。前已明降諭旨，令張之萬馳赴江寧會同審辦。即著該漕督迅速赴審，弗稍遲延。魁玉亦當督飭司道等官，詳細審訊，務得確供，不得以等候張之萬爲辭，稍形鬆懈，此事案情重大，斷不準存化大爲小之心，希圖草率了事也。
魁玉接旨再奏：奴才督飭司道晝夜研審，張犯刁狡異常，自知罪大惡極，必遭極刑，所供各情一味支離。訊其行刺緣由，則堅稱既已拼命做事，甘受碎剮。奴才伏思前江督馬新貽被刺一案，案情重大，用刑過久，又恐兇犯倉猝致命。
慈禧太后接奏，道：此供詞閃爍，恐有牽制窒礙之處。魁玉技止此耳，張之萬接旨月餘，遲不動身，是何道理？
給事中劉秉厚不以爲然，上疏曰：派審之員以數月之久，尚無端緒，遂藉該犯遊供，含混擬結。
慈禧太后亦怒，斥曰：現已四月之久，尚未審出實情具奏，此案關係重大，豈可日久稽延。
恭親王奕訢道：啓稟皇太后，奴才以爲，魁玉、張之萬等投鼠忌器，不敢放開手腳。倘若大刑伺候，張犯信口雌黃，胡咬一通，更難收拾殘局。
慈禧太后道：倘若真乃湘楚將官抑或曾國藩發號刺殺，又當如何？
奕訢道：啓稟皇太后，曾國藩公忠體國，萬不會做此齷齪事情；其若主使，早已溜之大吉；其已滯直三月之久，等死乎？
慈安太后道：曾國藩滯留直隸，湘楚草莽萬不敢興風作浪。
慈禧太后道：速傳諭旨，曾國藩如身體尚能應付，務必進京陛見。另，張之萬務必親自熬審，務得確情，昭示天下。
曾國藩接旨，不敢怠慢，當日即入京面聖。
慈禧太后道：上月，李鴻章督率半數淮勇入津，爾等相見，相談甚歡乎？
曾國藩道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后，李鴻章曰，天津教案，非斬殺二十餘兇犯，不能平息衆怒；談及前江督，又曰馬新貽威望過輕，難以震懾伏莽，長江從此多故也。
慈禧太后道：左宗棠亦乃曾臣舉薦，左臣以爲，金積堡即破，暫不宜斬殺馬化龍，待收復王家疃後，再據罪惡輕重，重者誅夷，輕者遷徙。
曾國藩道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后。陝甘茴亂，綿延十載，死傷百萬，不誅匪首，不足以平民忿。
慈禧太后道：速傳諭旨，左宗棠倘若擒得馬化龍，屆時不得以收復各處爲乞恩，以申國法，而快人心。曾臣身體好否，近日可否直下江南？
曾國藩道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后，微臣罪該萬死，但待沉痾稍輕，近日即可南下。
十二月十二日，張之萬再奏：兇犯張汶祥曾從發捻，復通海盜，因馬新貽前在浙撫任內，剿辦南田海盜，戮伊夥黨甚多。又因伊妻羅氏爲吳炳燮誘逃，曾於馬新貽閱邊至寧波時，攔輿呈控，未準審理，該犯心懷忿恨。
適在逃海盜龍啓等復指使張汶祥爲同夥報仇，即爲自己恨，張汶祥被激允許。該犯旋至新市鎮私開小押，適當馬新貽出示禁止之時，遂本利俱虧。迫念前仇，殺機愈決。
同治七、八等年，屢至杭州、江寧，欲乘機行刺，未能下手。本年七月二十六日，隨從混進督署，突出行刺，再三質訊，矢口不移其供，無另有主使各情，尚屬可信。