曾國藩接旨，不敢怠慢，即刻入京面聖。
慈禧太后道：上月，李鴻章督率半數淮勇入津，爾等相見，相談甚歡乎？
曾國藩道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后，李鴻章曰，天津教案，非斬殺二十餘兇犯，不能平息衆怒；稍後談及前江督，李又言馬新貽威望過輕，難以震懾伏莽，長江從此多故也。
慈禧太后道：左宗棠亦乃曾臣舉薦，左臣以爲，金積堡即破，暫不宜斬殺馬化龍，待收復王家疃後，再據罪惡輕重，重者誅夷，輕者遷徙。
曾國藩道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后。陝甘茴亂，綿延十載，死傷百萬，不誅匪首，不足以平民忿。
慈禧太后道：速傳諭旨，左宗棠倘若擒得匪首馬化龍，屆時不得以收復各處爲乞恩，以申國法，而快人心。曾臣身體好否，近日可否去那江南？
曾國藩道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后，微臣罪該萬死，但待沉痾稍輕，即刻啓程南下。
十二月十二日，張之萬再奏：兇犯張汶祥曾從發捻，復通海盜，因馬新貽前在浙撫任內，剿辦南田海盜，戮伊夥黨甚多。又因伊妻羅氏爲吳炳燮誘逃，曾於馬新貽閱邊至寧波時，攔輿呈控，未準審理，該犯心懷忿恨。
適在逃海盜龍啓等復指使張汶祥爲同夥報仇，即爲自己恨，張汶祥被激允許。該犯旋至新市鎮私開小押，適當馬新貽出示禁止之時，遂本利俱虧。迫念前仇，殺機愈決。
同治七、八等年，屢至杭州、江寧，欲乘機行刺，未能下手。本年七月二十六日，隨從混進督署，突出行刺，再三質訊，矢口不移其供，無另有主使各情，尚屬可信。
慈禧太后觀張之萬奏章，道：兇犯張汶祥爲洪秀全餘黨，其戕新貽，真乃海盜挾仇，別無主謀者？殺父之仇奪妻之恨，不共戴天也！兇犯不對仇家下手，竟尋朝廷命官泄憤，甚悖於常情也！
慈安太后道：刺馬之案，延宕半載，至今不實不盡；張之萬、魁玉等究辦無力，殊屬可恨！
恭親王奕訢道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后，奴才以爲，張之萬等梧鼠技窮，再審亦無確信；刑部尚書鄭敦謹清廉公正，升堂斷案無不精通；鄭至江南，大有裨益。原直隸總督、現兩江總督曾國藩老成宿望，乃江寧安瀾所賴；然其遲不赴任，務必再行督促。
慈禧太后道：速即明發上諭：馬新貽以總督重臣，突遭此變，案情重大。張汶祥所供挾恨各節，暨海盜龍啓等指使情事，恐尚有不盡不實；若遽照魁玉等所擬，即正典刑，不足以成信讞。前已有旨，令曾國藩於抵任後，會同嚴訊，務得確情。着再派鄭敦謹馳驛前往江寧，會同曾國藩將全案人證，詳細研鞫，究出實在情形，從嚴懲辦，以申國法。鄭敦謹隨帶司員，着一併馳驛。另，曾國藩行前，務必再次進京陛見。
慈禧太后道：兩江事務殷繁，職任綦重；曾國藩前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜，現雖目疾未痊，但得該督坐鎮其間，諸事自可就理，該督所請另簡賢能之處，著毋庸再議。
曾國藩接旨，再入京師。
慈禧太后道：爾何時起程？
曾國藩道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后，微臣二十三日起程南下。
慈禧太后道：天津教案，兇犯正法否？
曾國藩道：尚未行刑。俄、法二國公使即將派人驗看，是以未能遽殺。
慈禧太后道：李鴻章擬於何日行刑？
曾國藩道：臣接李鴻章來信，擬於近日將該犯等行刑。
慈禧太后道：爾目尚能視否？
曾國藩道：右目已不能視，左目尚能窺見光明。
慈禧太后道：爲國操勞，方致此疾，泱泱大清，得虧有爾。馬新貽校場遇刺，豈不甚奇？
曾國藩道：確亦甚奇。
慈禧太后道：馬新貽可爲良吏？
曾國藩道：馬新貽兢兢業業，可爲良吏。
慈禧太后道：爾在直隸練兵成否？
曾國藩道：前任督臣官文練兵四千，臣練兵三千，共計七千；臣已與李鴻章商明，擬再練三千，合成一萬。
慈禧太后道：江南練兵，亦是緊要；洋人跋扈，務籌萬全制衡之策。
曾國藩道：洋人實在可惡，現無戰事，惟當防患於未然；臣擬於長江緊要之處，修築炮臺，以防洋船。
慈禧太后道：洋人多事，動輒祭出堅船利炮；教堂亦多事，時時惑人心智，橫生事端。
曾國藩道；洋人教堂，近年多有滋事；明年與法國換約，須將傳教一事加意整頓。
慈禧太后道：練兵之事，務與李鴻章詳細協商，南北相通，互補有無。
曾國藩道：謹遵皇上、母后皇太后、聖母皇太后訓令，微臣迅即啓程南下，秉公辦理前江督馬新貽被刺一案。
國藩行前，再召直隸總督李鴻章，道：天津教案、江馬遇刺、左公剿茴三事並生，少荃以爲，以何爲重？
李鴻章道：啓稟恩師，天津教案，恩師業已釐定是非，少荃只須蕭規曹隨，賺一便宜。兩江地大物博，恩師至，一切迎刃而解。惟西疆邊陲，已被賊匪阿古柏侵佔五載；英、俄二夷，亦是攛掇其後、虎視眈眈。然甘隴茴亂，卻久拖不決。少荃以爲，長此以往，西疆恐生大變。