是夜，宗棠致函總理衙門：俄羅斯人久踞伊梨之意，情見乎詞。尊處持正論折之，實足關其口而奪其氣。唯自古盛衰強弱之分，在理而亦在勢。以現在情形言之，中國兵威且未能加於已定復叛之茴，更何能禁俄人之不乘機竊踞？
新疆地方，榮侯深入無繼，景都護兵力本單。後路諸軍，久成遷延之役，兵數雖增，仍多缺額，且冗雜如常，並無鬥志。望其克復要地，速赴戎機，實無把握，並慮徒增擾累，以後更苦無從着手。
甘、涼、肅及敦煌、玉門，向本廣產糧畜，自軍興以來，捐派頻而人民耗，食糧盡而牲畜空。現在僅存之民，已皮骨俱盡；屯墾之地，大半荒蕪，年復一年，何堪設想！
宗棠所以有從內佈置，從新籌度之請也。就兵事而言，欲杜俄人狡謀，必先定茴部，欲收伊梨，必先克烏魯木齊。如果烏城克復，我武維揚，興屯政以爲持久之謀，撫諸戎以安其耕牧之舊，即不遂索伊梨，而已隱然不可犯矣！烏城形勢既固，然後明示以伊梨我之疆索，尺寸不可讓人。
肅州年內可得，既得，則擇一實心任事之人，重其委寄，別籌實餉，於肅州設立總糧臺，司其收發，並將各軍專餉，歸併爲一，相其緩急，精選出關之將，緩進急戰，驟取烏魯木齊。
總理衙門首席大臣、恭親王奕訢接函，回曰：左公勿慮，攻得肅州，再定新疆。
同治帝接宗棠兩奏，速諭：前據左宗棠奏成碌糜餉遷延，舉動乖張。當經諭令穆圖善密查具奏。茲據穆圖善復陳，成碌不知檢束，參款俱屬有因。又據左宗棠奏成碌誣良爲匪，妄殺二百餘衆。是該提督喪心昧良，情罪重大，實難一日姑容。
著副都統金順，着即酌帶所部，兼程出關接統成碌各隊，一帶傳旨將成碌革職拿問，即日遴選派員解京聽候治罪，毋得稍涉遲延，致有泄露。
左臣宗棠，辦理陝甘軍務，宣力數年，地方漸就肅清，大功不日告竣。嗣後一切善後事宜及吏治民生，正賴該大臣悉心籌度。
至新疆軍務，誠非從內預爲佈置，從新預爲調度不可。將來大軍出關，關內既須重臣鎮撫，而籌餉、籌糧並籌轉運等事，尤恃有大臣實力實心經營佈置，庶前敵各營不虞後顧。該大臣素顧大局，諒早籌計及此。應俟甘境敉平，先將餉事、兵事通盤籌畫，據實奏聞。
朝廷倚畁方深，豈可遽萌退志。著賞假一月，安心調理。河州、肅州軍情，仍着隨時詳細具奏，以慰廑系。
宗棠接旨，道：吾皇親政伊始，但願其志不虛。
幕客虞紹南道：宮中盛傳，吾皇、慈安太后甚喜狀元崇綺之女阿魯特氏，遂冊立皇后。慈禧太后甚怒，竟以皇后年少，未嫺禮節，皇帝毋得輒至中宮，致防政務；慧妃賢惠，雖屈居於妃位，宜加眷顧。
宗棠嘆曰：嚴母獨尊，難釋權柄也！吾輩話癆，多此一舉；肅州戰況，如火如荼矣。徐佔彪稟報，上月15日，馬文祿率茴匪全體出城，猛攻我軍營壘；本月15日，馬又出城，與白彥虎匪，裏應外合，夾擊我軍；21日，馬文祿設伏，出城誘我，誅我200餘人。
虞紹南道：左帥勿慮，金順、宋慶、張曜等40營大軍，不日即至，會合徐佔彪各部，總計60營3萬餘大軍，足可圍城滅賊。
宗棠道：肅州城堅體闊，茴目馬文祿苦心經營八載，火槍土炮，甚難炸裂；吾蘭州機器局自制之劈山炮、螺絲炮、仿製普魯士之七響後膛槍，實用否？
宗棠道：賴軍門八面玲瓏，尤擅研製槍炮，人才難得，必再奏請吾皇從優議敘。
1873年5月15日，徐佔彪先鋒營、金順八旗軍、宋慶毅軍、鄧增炮營與楊世俊、陶生林老湘軍鹹集肅州城下。
毅軍統領宋慶謂徐佔彪道：肅州城內外，茴匪可多？聽聞上月徐統領與茴接戰，茴目馬文祿挖人之心祭旗，馬文祿暴戾，凌遲寸磔，亦不解恨矣！
果勇營統領徐佔彪道；塔爾灣破，白彥虎殘部逡巡不前。肅州城內，尚有阿古柏三千纏茴、馬鎮國二千土茴及馬文祿三千殘部。茴目馬文祿，原乃鎮標都司，其人善使叉子槍，三百步外，無發不中。
副都統金順道：左帥自造之七響後膛槍，可擊五百步之遠；馬文祿死期至矣！東關與肅州脣齒相連，欲破肅州，先破東關。吾之炮利，開花大炮、劈山炮、克虜伯後膛炮併力轟擊，一勞永逸。
5月28日，鄧增炮隊百炮齊射，連轟七日，炸燬東關城牆、城堞數十處，各路清軍一擁而入，攻佔東關。
東關失，肅州門戶大開，徐佔彪、宋慶、金順、楊世俊等迅即結壘立營，築臺安炮，挖溝掘壕，圍城困敵。
白彥虎見勢不妙，即舍肅州，打馬西竄。
馬文祿亦知劫數難逃，屢欲棄城而走，奈何城外營壘林立，遍地皆兵。
6月6日，清軍槍炮齊放，悍然攻城；連擊兩月，遺屍千餘，分毫未進。
宗棠聞訊，親臨督戰。
衆將士益奮，奮不顧身，遊擊張林、參將楊世俊先後戰死。
肅州城內糧資亦已耗盡，馬文祿進退不能，不勝其煩，遂大殺三日，屠城泄憤。
宗棠驚，急召衆將，道：肅州城垣雖堅，月內務必擊破！結寨浚壕、增兵困圍、掘地炸牆、炮轟潰城，皆乃破城之方。劉錦棠至，攜手諸公，拼死一搏。
九月初十，劉錦棠率兵2000，洶洶趕至。
歸降茴目、旌善營營官崔偉上言：啓稟劉將軍，圍城半載，肅州糧資耗盡，城內人相食也！標下以爲，城內人心已惶，再無戰意。標下即率輕騎百餘，繞城吶喊，亂其心志！
是日，崔偉等繞城狂呼：肅州將破，馬文祿死期至矣，諸位善自爲謀！
外音嘖嘖，聽者有心，忽有百餘穆兵，荷槍實彈，直入轅門，將那馬文祿一衆茴目，裹挾捆綁，押赴左宗棠行營。
馬文祿拜過宗棠，道：啓稟大帥，吾等甘心投誠，願率衆將，關外平叛，將功贖罪！
宗棠道：本爵大臣提兵三萬，爾茴偕兵七千，兩軍對壘，戰則戰耳，死則死矣！是乃生死有命。然爾等窮途末路之際，肆意殺戮兩萬手無寸鐵之贏弱百姓！可有天理？爾等已無天良，爾等不死，蒼天蒙塵！速傳本爵大臣令，肅州城內所有茴目穆民，全皆誅殺，寸草不留！
肅州得，甘隴平，同治帝甚喜，迅諭：左宗棠剿匪功高，着授協辦大學士，一等輕車都尉世職。金順，加恩開復革職處分，賞還黃馬褂、花翎清字勇號。提督宋慶，尤爲奮勇，着賞戴雙眼花翎。劉錦棠直搗金積堡，功不可沒，着賞一等輕車都尉世職。詹事府詹事袁保恆，籌措軍餉，始終無誤，着賞給頭品頂戴。