1876年9月6日，金順督率馬步二十營進至瑪納斯，即令健銳營營官和振興駐紮城西，禮字營提督劉宏發、親兵營總兵張大發、統領英字營副將方春發分屯城東、城東北、城東南，與統領振武營副將徐學功、統領馬隊廣州副都統福珠哩聯絡一氣；金順自率親軍步隊營官參將餘致和與統帶定西營提督孔才分扎城北，以圍城必闕，又令巴里坤領隊大臣沙克都林扎布馬隊爲遊擊之師，密伏城南，待逆潰出，迎頭截擊。
7日一早，開花大炮、克虜伯野炮三發齊射，東北角樓頓時坍塌，金順一聲令下，千餘清軍，一擁而上。
韓刑膿看個真切，亦是一聲令下，城頭炮石檑木彈子箭矢，如瀑傾泄。
攻城將士，無甚防護，自是不敵，總兵李大洪、熊佑林、都司張玉林非死既傷，兵丁戰亡百餘，重傷二百，輕傷無數。
金順不輟，再飭總兵張大發、參將餘致和督兵攻堅。張、餘輪番攻擊，鏖戰一日，死傷枕藉。
13日，記名提督馬玉昆率四營援軍馳至。
金順喜曰：世人皆謂毅軍無堅不摧，馬將軍可有破城良策？
馬玉昆道：啓稟金將軍，屬下無甚良策，惟死戰耳！
金順道：賊軍裝備俄羅斯格林炮，此器嘟嘟嘟連聲響起，我軍將士成片撲地，馬將軍可要當心。
是夜三更，馬玉昆率兵五百，夜襲西北角樓，不成。次夜再襲，不想城頭嘟嘟聲又起，一時間，彈如雨注；遊擊胡耀羣前鋒陷陣，當場身亡，馬玉昆亦被亂石砸傷，兵丁更是傷亡百餘。
屢攻不克，屢損兵將，金順心寒，冥思十日，不得破城之策。
烏魯木齊領隊大臣錫倫上言：賊逆奸猾，晚間已以繩系柴草灌油以燃燒，光如白晝，各面缺口均以蘆蓆裹土添砌，沿城屋頂俱築垛口，排設槍炮，我軍已不能夜襲。
金順道：攻擊堅城，無有他方，炮火傾瀉，全軍出擊，決死破城。速傳吾令，大軍休整三日，4日三更，炮火過後，馬玉昆部再攻西北角樓，孔才、方春發部圍攻西城門樓，張大發、餘致和部圍攻東北角樓，徐學功、劉春元部圍攻東南門樓。錫倫兄佑護後路，吾自率中軍，只待城破血洗。
10月4日夜，清軍集合所有炮火，狂轟濫炸畢，各部傾出，鏖戰一夜，城未攻破，反又折損總兵張大發、參將杜生榮以下五百餘衆。
金順氣餒，速即諮請西寧道劉錦棠、伊犁將軍榮全出兵襄助。
劉錦棠接諮，即飭董福祥、黃萬鵬、羅長祜、譚拔萃四將督率六千大軍馳援。
董福祥等躊躇不前。
錦棠道：西疆戰事甫開，亟需萬軍一心，切不可存取金軍而代之之妄念。
羅長祜道：啓稟劉將軍，我等皆願拼死相助，奈何金順將軍屢屢浪戰，我等隸其麾下，聽其號令，難保不損兵折將。
錦棠道：我等自出關以來，屢戰屢勝，金都護、榮侯爺必妒吾功，曾滌帥曰，勢不可用盡，功不可獨享。我有疏浚塹壕絕其出路、高築炮臺強行轟擊、開掘地道擇機炸城之上策，可解金都護困頓，諸位將軍儘可放心前往。
額爾慶額、馮桂增兩營率先進攻瑪納斯北城，非徐學功所能預知。經金順先摘頂翎，免其再議。馮桂增即使有冒進之嫌，但人已爲國捐軀，宜應按職銜交部議恤。額爾慶額雖性情粗莽，不甚曉事，然膽力尚優，如有以慰其心，未嘗不可得其力也。
金順於七月二十日親率總兵鄧增、都司張玉林以後膛開花大炮轟城東北樓，橫塌丈餘。劉宏發、方春發趁勢移卡逼扎城根。金順與烏魯木齊領隊錫倫麾隊於缺口直上，賊乘高死抗，炮石如雨。
總兵李大洪、熊佑林，參將陸輝先，冒槍石搶登，均被炮子中傷，登時殞命。方春發、張玉林憤急猛撲，均帶槍傷。張大發、餘致和率隊繼進，更番仰攻，緣城頭稨窄，難於施展，未能得手。計是役槍斃、炮斃之賊約四百餘名，官軍陣亡亦一百餘名。
大軍襲攻瑪納斯城，輕進失利，金順遂諮請榮全、劉錦棠襄助。臣即令劉錦棠馳援勿怠。
兩宮接奏，迅諭：額爾慶額、馮桂增、徐學功三營，原約二十九日會師進攻；額、馮二營，先進失利；迨徐學功率所部前進，官軍已敗出城外。額爾慶額並未諮商金順詳籌佈置，貪功輕進，咎由應得，着交部議處。馮桂增身受重傷，罵賊捐軀，着交部議恤。
金順奏請伊犁將軍榮全親赴瑪納斯南城助剿一折，覽奏不勝詫異。瑪納斯南城，現經金順各軍協力攻剿，左宗棠亦經派軍分道並進，諒可得手。
榮全系署理伊犁將軍，因未能即赴伊犁，暫駐塔爾巴哈臺，以圖進取。塔城防剿一切事宜，均關緊要，榮全不候諭旨，徑將行營各務，委員看守，遽行馳赴瑪納斯城，實屬冒昧。
榮全無論行抵何處，着即折回塔城，不準擅自離營，致滋貽誤。前有旨諭令榮全，遇有與俄羅斯人交涉之事，先行知照左宗棠。所有收還伊犁事宜，應俟瑪納斯南城收復後，榮全即懍遵前旨，知照左宗棠妥爲籌辦。毋得稍涉輕率。將此由五百里諭令知之。
聖旨未至，伊犁將軍榮全已抵瑪納斯。四日之前，董福祥、黃萬鵬等六千大軍已於城南及西南駐紮。
金順甚喜，即召榮全、錫倫、董福祥、黃萬鵬、羅長祜、譚拔萃、徐學功等議商攻城事宜。
金順道：劉道臺意，疏浚塹壕絕其出路，高築炮臺強行轟擊，開掘地道擇機炸城，諸位以爲如何？
董福祥道：昔日圍攻金積堡，亦用此方；金積堡壘雄其數倍，金將軍若納其方，瑪納斯堅城必克。
徐學功道：啓稟金將軍，攻心爲上，攻城爲下，不戰屈人之兵，善莫大焉。屬下曾與城中茴目合力抗擊阿古柏逆匪，曾甚熟捻，屬下願入城內，遊說衆茴歸降。
金順道：屢攻不得，卻去遊說，茴必恥笑。即用劉道臺之方，挖壕掘道築臺，絕其援路，困圍轟炸。