十日之後，統領英字營副將方春發部掘地道至北門城下，裝填貨藥十餘擔，炸塌城垣兩丈餘，方春發親督悍兵千餘，一擁而入。寧夏鎮總兵譚拔萃、道員羅長祜亦率湘軍會攻南門，遙相呼應。
瑪納斯守將韓刑膿心無旁騖，親偕海晏、何碌、黑俊、馬有才、王奇才等一衆茴目，督率衆茴，依託殘垣，搖動俄製格林炮，拼死搏殺。
清軍復退，韓刑膿不喜反憂，道：堅撐危城一月又半，彈藥糧資行將耗盡，此後何去？
茴目海晏道：內無糧資，外無援軍，劉錦棠六千湘軍復又蒞臨，復再堅撐，亦無裨益。俯首請降抑或絕地突圍，還請大元帥及早定奪。
韓刑膿道：十餘年來，吾等攻城略地，弒殺滿漢軍民幾十餘萬，降路幾絕。吾等挺槍躍馬，尚可出西門遁入俄羅斯地界；老幼婦孺，四五千衆，追隨吾等，幾無活路。
海晏道：河州馬佔鰲，亦是殺人無數。
韓刑膿道：金順起於微末，力微任重，極易反覆；古牧地一戰，金順縱兵殺俘，非左宗棠可比也。劉錦棠之老湘軍雖至，亦不能破我城池；金順黔驢技窮，抑或率先示好，吾等且戰且望。
1876年11月3日午時，韓刑膿荷槍實彈，再巡戰地，忽一炮子飛來，正中其胸。
韓刑膿戰歿，茴目海晏力排衆議，孤身潛入徐學功軍營，商洽歸降事宜。
徐學功嘆曰：亡羊補牢爲時太晚，然兄既有意，吾必拼死上稟。
金順聞，思忖半晌，方道：呈交馬械，捆獻各逆首，爾後造餘衆名冊，聽候點驗，分別辦理。
海晏得訊，悻悻而回。
衆茴目皆曰金順氣度褊狹、無收納之量；自捆雙臂，無疑作繭自縛，復重金積堡、肅州城之舊事；糧資即絕，決一死戰，或能絕地求生；後日辰時，敞開東門，僞裝呈交馬械；大軍竊出西門，泅渡塔西河，遠遁俄羅斯。
衆茴目議定，速將歸降之事傳告徐學功。
金順卻道：捆獻逆首，造餘衆名冊，聽候點驗，此甚嚴苛也！茴逆降則降耳，其若使詐，功虧一簣！後日清晨，各部務必槍炮上膛、劍拔弩張。
6日清晨，茴目何碌、黑俊率悍兵千餘，全副武裝，自西門逶迤而出。
徐學功單騎橫出，於萬軍叢中斬取何碌首級；清軍四面困圍，槍炮齊射；海晏等進退失據，伏地跪降。
金順怒不可遏，立令屠城。
統領董字營總兵董福祥上言：啓稟金將軍，左爵帥有言，不可妄殺。
金順道；非吾不義，其先不仁！
瑪納斯南城得克，左宗棠、金順聯名奏曰：官軍於本年六月，攻克瑪納斯北城後，南城賊黨負隅抗拒，金順率所部兵勇進剿，七月二十八日、八月初二等日疊次猛攻，開放槍炮轟坍城垛，殲擒賊匪多名。
八月十七日，西寧道劉錦棠所派各營馳抵瑪納斯會剿，與金順一軍，周掘長濠，轟發地道。連日會師進攻斃賊無算。九月二十一日，賊衆二三千人突出西門，詐稱乞撫，意圖出竄。
兩宮接奏，喜諭：左宗棠運籌決勝，調度有方，深堪嘉獎。金順督率各軍，奮勇剿賊，懋着勤勞，着加恩賞戴雙眼花翎，並賞給雲騎尉世職，以示優異。
提督劉宏發、馬玉昆，均着賞給雲騎尉世職。巴里坤領隊大臣沙克都林扎布、總兵董福祥、黃萬鵬、譚拔萃、道員羅長佑等，均着從優議敘。
提督孔才、劉佔魁、羅永興、總兵劉萬發，均賞頭品頂戴。提督劉佔魁、總兵徐得標、副將餘致和、方春發，均賞穿黃馬褂。
三等侍衛雙全、參將和振興、遊記李大全、楊金髮、柴洪山、都司崔偉、佐領岱通阿、守備範衷忠、千總崔正邦、魯明珠，均賞給巴圖魯名號。
提督湯仁和、總兵桂錫幀、副將孫復勝、參將徐學功、黃佔彪、張志徳、張富貴、張長安、遊擊李得林、萬長髮、李代興、都司李復盛、張玉林，均賞還清字巴圖魯名號。千總秦漢倉、把總何長春，均賞戴花翎。
其陣亡之提督李大洪、總兵張大發，均照提督陣亡從優議恤。副將胡耀羣等一百一十八人，均着交部各照官階從優議恤。
署伊犁將軍榮全，不候諭旨，遽赴瑪納斯城助剿，殊屬冒昧，已諭令折回塔城。其奏請將出力各員獎勵，未免過優；雙眼花翎，尤非臣下所得擅請。所有榮全原折單一件、片三件，均着抄交左宗棠、金順覆核，另擬具奏。
左宗棠接奏，嘆曰：榮全署理伊犁將軍十載，失地有過，拒賊有功，功過參半；金順立功心切，殺人如麻，難以統軍。南疆之地，非劉錦棠不能奪也；只可惜寒冬將至，今朝就此而已。
劉典道：劉錦棠若不謙讓，半月即可攻克瑪納斯城。金順久攻不克，有報復泄憤之嫌。
左宗棠道：昔日，藍二順逆匪進犯西安省城，衆號十萬，晝夜力攻，援軍皆作壁上觀，莫適先發，金順所將才數百騎，冒圍直入，縱橫蕩決，賊遂崩潰。前歲金順率軍獨渡戈壁，雜賦不飽，佐以野蔬，軍躑躅不前，竊竊有所議，金順知有變，疾馳視之，手刃六人，泣曰：此行渡沙漠乏水草，吾非不知，但不忍，汝六人如全軍何？如國家何？如關內生靈何？金順其人，滿人之異類也。吾即奏請朝廷，瑪納斯既克，北進伊犁，非金順將軍莫屬。
兩宮接奏，再諭：命署伊犁將軍榮全，來京當差；以烏魯木齊都統金順，爲伊犁將軍；前兩廣總督英翰，賞給二品頂戴，署理烏魯木齊都統。
現當攻剿喫緊之際，金順能否接辦伊犁將軍事務？着該將軍酌度機宜，以定進止。榮全當懍遵前旨，俟金順接辦後，再行來京。英翰赴任時，道經肅州，進見左宗棠，當將烏魯木齊近日情形，以及如何佈置防守之處，悉心會商，妥籌辦理。