這本書在一開始，有些架空的地方，比如朱載壡的年齡，比如南方讀書人不去江南貢院考，而去京城考，又比如將海瑞的官職調一下，將馮保的出身改變一下，這些處理都是爲了讓後續的劇情推進得更加合理，但是實在沒有想到會出現如此多的抨擊。
另外爭議較大的有以下幾點。
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一，崇文門稅吏能否對讀書人如此舉動，讀書人的地位應該很高呀，怎麼會被小小稅吏所爲難。
這一點很多人都有所誤解，但是其實晚清時期的清人筆記已經告訴我們了。
無論是腦袋上插銅錢，還是爲難讀書人，都是崇文門的弊端，你們去搜搜看就行了，是真實被記錄在案的，我沒必要在這點弄出虛構的情節來。
二，對於海瑞的態度，是採用了先抑後揚的手法，只有這樣才能寫活朱載壡本人，他也會犯錯，也會被自己的主觀思維所誤導。
任何人的思想是需要慢慢改變的，並不能一蹴而就，纔來明朝幾個月，他的思想是需要慢慢改變的，所以一開始，他與海瑞的衝突是合理化，同樣的，這樣的衝突也能促使海瑞做出一定層次的改變，看到後面的書友們，應該也知道了，海瑞已經開始嶄露頭角，往務實方向發展了。
三，歐陽必進與嚴嵩的關係，兩者的關係不要看百度，百度是錯誤的，去看楊繼盛的《請誅賊臣疏》，它會告訴你們答案的。
四，議罪銀的事情，這點抨擊的人最多，幾乎是一邊倒的在說我給明朝挖坑，但是任何政策不應該去結合基本國情嗎，不同的國情所產生的政策效果是不一樣的。
這議罪銀一事自然是不好的，但是爲何不去引導政策呢？讓這議罪銀成爲一張大網，去網出大魚來？？
同時地方上本就各種隱性收入，但是中樞的銀子卻一直收不上來，沒有銀子談什麼治國，先有了銀子，先把銀子收到手，之後才能進行改革。
對於不好的政策，是要取締沒有錯，這點我同意，但是我們是在改革，而不是進行休克式治療，所以力度必須要一點點加上去，先規範，再摸底，摸完底之後取代不是更好。
五，很多人都說粗鐵，精鐵這是很不專業的，是很敷衍的，說什麼爲啥不用鋼，甚至在外網的小說站中直接對着我親戚開罵，這點我不知道該說什麼，去搜搜看就好了，一把鳥銃最好是重五斤，這是同時期的戚繼光說的，用鋼實在是…哪怕是閩鐵都…唉，你們開心就好吧。
六，再比如稱呼上的問題，像是奴才一詞，一直有人揪着這點說我是滿狗，我已經有些心累了，這奴才一詞並不是只有滿清纔有，而且滿清的時候旗人才有資格稱呼奴才，那是皇權高度集中的產物。
關於奴才與奴婢的問題，很多人被大明王朝所誤導，不過這兩者都可以用，如果細心一點，會發現內宦的稱呼有很多，伴伴，大伴，老奴，老祖宗，奴才，內官（明朝內宦是官）長隨，小火者。