故事發生在2023年的中國，十五年前巨大不明生物體Maryway僞裝成隕石襲擊地球，奧特曼與米利尼安兩位戰士截擊Maryway失敗，怪獸墜落到日本海，地軸偏斜，引起巨大海嘯，湮沒日本島及中國大陸部分沿海城市，地球氣象劇變，十五年間超過1/3陸地沙漠化。而米利尼安則墜落到了甘肅敦煌月牙泉的沙漠，軀體被黃沙掩埋。15年後，地球軍方受到神祕組織S指引成立BASE，果然新的巨型生命體再次來襲，當年墜落地球的米利尼安將自己附身於一個叫李千禧的年輕人身上，善良的李千禧是蘭州遊樂場的一名員工，但他並不知道自己體內存在米利尼安。當遊樂場被怪物襲擊的時候，危急之下引發了李千禧的變身能力，巨大的奧特曼出現在怪物和人類面前。不知情的人類以爲奧特曼是另外一個怪物，絕望逃生中發現奧特曼是在幫助人類。奧特曼和怪獸，以及另一位黑色的奧特曼的戰鬥隨即展開……
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- 第四十章 大夢初醒
- 第三十九章 最終決戰
- 第三十八章 女媧補天
- 第三十七章 絕密檔案
- 第三十六章 貝塔膠囊
- 第三十五章 瞞天過海
- 第三十四章 逆轉未來
- 第三十三章 毀滅之日
- 第三十二章 前世今生
- 第三十一章 超人計劃
- 第三十章 智勇雙雄
- 第二十九章 龍潭虎穴
- 《千禧奧特曼：超人計劃》正文
- 第一章 太空追擊
- 第二章 異常天象
- 第三章 西部樂園
- 第四章 怪獸來襲
- 第五章 超人覺醒
- 第六章 初次交鋒
- 第七章 世外桃源
- 第八章 千禧魔棒
- 第九章 意外之邀
- 第十章 沙漠深處
- 第十一章 特殊檢查
- 第十二章 戰訓基地
- 第十三章 天降巨蛹
- 第十四章 黑色巨人
- 第十五章 人造人類
- 第十六章 仇人相見
- 第十七章 新型武器
- 第十八章 外星入侵
- 第十九章 殺父之仇
- 第二十章 千鈞一髮
- 第二十一章 女媧計劃
- 第二十二章 編號十三
- 第二十三章 地下城市
- 第二十四章 神祕組織
- 第二十五章 藍色血液
- 第二十六章 三類接觸
- 第二十七章 黑暗命運
- 第二十八章 血戰長空
- 第二十九章 龍潭虎穴
- 第三十章 智勇雙雄
- 第三十一章 超人計劃
- 第三十二章 前世今生
- 第三十三章 毀滅之日
- 第三十四章 逆轉未來
- 第三十五章 瞞天過海
- 第三十六章 貝塔膠囊
- 第三十七章 絕密檔案
- 第三十八章 女媧補天
- 第三十九章 最終決戰
- 第四十章 大夢初醒