司馬尚之帶到新亭的士兵將不識兵，兵不識將，是一支由建康官兵、豫州散兵，地方流民臨時拼湊的軍隊。
晉室兵役制度，一直沿用曹魏的世兵制，兵源來自於軍戶。
軍戶世代爲兵，父死子繼，世代爲兵，社會地位連士族中豢養的佃戶都不如，犯法的罪犯與無土地戶籍的流民，常常被抓來充抵軍戶人數。
永嘉南渡後，晉室南遷建康，皇權漸漸沒落，士族豪門開始豢養自己的部曲軍隊，王恭未任京口建威將軍前，有一次和族人王枕吵嘴，隨便一喊，便從府中喊來千名府兵參入鬥毆，各士族最重視兩件事，一是佔地，二是抓丁。
士族豪門的土地稅金，與朝廷無關，流民也紛紛被各大士族抓到府中當佃戶，朝廷中無兵可徵，世兵制徹底失敗，自謝安爲相後，只能開始實施募兵制。
募兵制就是朝廷直接招收流民爲士兵，“北府軍”便是在謝安主持下，招募江北流民組建，劉牢之便是靠在戰鬥中積累軍功，最後升至“北府軍”統帥。
司馬尚之手中原本沒有自已的軍隊，除了自已一隊精銳府兵護衛，其餘士兵皆是七拼八湊而成，平時也只能跟着朝廷軍旗前行，實則就是一羣手中拿着刀槍的流民。
城頭上一羣沒頭的蒼蠅般到處亂跑，手中還提着刀槍，想下城的下不去，想抵抗的又各自爲戰，“嘩啦，”一聲，堵住豁口的大石塊被桓家軍從外拽動，塌了下去。
“堵住豁口，堵住豁口......”司馬尚之拼了命在大喊，可晉軍們根本沒人注意他的存在，情急之下，只能對自己府兵下令：“你們殺過去，殺過去。”司馬尚之身後的親信府兵想奉命行事，可一城頭的亂兵擠來擠去，根本挪不動半步。
桓少和天地宗二名長老揮舞兵刃，正從遠處慢慢殺來，越來越近，已然漸漸近到能看到對方的兵刃，和聽到對方的喊殺聲，三人身後跟隨一羣墨甲衛和攀上城頭的桓家軍。
“衝過去，衝過去堵住，衝過去。”司馬尚之仍然不願承認失敗，聲嘶力竭的大聲喝喊，可士兵們都將他當成瘋子，沒人搭理他，“噗嗵。”一聲，已有晉軍不顧生死，從牆頭上徑直跳下去逃命。
“哥哥快走，快走！”司馬休之披着一身污血的盔甲，匆匆擠來，大叫：“桓胖子殺來了。”
“殺啊，衝啊！”桓家軍見城頭晉軍紛紛棄城而逃，無人守城，不約而同的發出衝鋒的吶喊聲，想衝上城頭立功，黑盔黑甲的士兵象一片片黑浪，向城頭上急速奔涌。
“本將軍不走，不走，都隨本將軍頂住。”司馬尚之在做垂死掙扎，嘴中說着胡話。
“哥哥別叫喚，桓胖子殺來了。”司馬休之一步躥過來，大喝：“走，再不走成桓胖子的上囚了。”喝聲中向身後的親信衛兵一呶嘴，四名衛兵躥上來，架起司馬尚之就走。
桓玄遠在二箭之地以外，看到司馬尚之兄弟倆要逃，登時又蹦又跳，攏嘴大呼：“伯道小弟弟別走，陪哥哥玩會，再玩一盞茶的功夫。”
兵敗如水倒，新亭城中到處都是逃命的晉軍，東一頭西一頭的亂躥，大部分隨人流從東城門向建康方向逃遁，多虧有一道城牆的障礙，桓家軍進入城中的部隊不多，司馬休之令人將司馬尚之按在馬背上，從東城門向建康逃去。
兩日後，建康城，金陵山上一處行軍大帳中，傳出一陣爭吵聲。
“司馬尚之。”司馬元顯全身金盔金甲，滿面的香粉，遮不住一臉怒氣。“你用腳指頭想想，你剛到新亭城，便有朝廷派的民夫進城送糧，那兒有這麼積極幹活的朝廷民夫？”一生氣，司馬元顯臉上搽的香粉，又跌落一層，
“司馬尚之囁囁道：“當時桓胖子大舉攻城，混進城中的民夫又趁機作亂，我軍一片混亂，因此才......”
“好了，停，停。”司馬元顯擺擺手，止住司馬尚之接着絮叨，問：“你判斷一下，新亭兵敗，主要原因是什麼？”
“兵不識將，將不識兵。”司馬尚之想了想，解釋道：“帶去新亭的軍隊，從來沒經過統一訓練，打勝戰時跟着旗幟向前衝，若稍微混戰，便自亂一團，象在新亭城頭，其實主要輸在士氣上，我軍士兵大多隻想逃命，不想賣命打仗。”
“打勝仗就一擁而上，打敗仗就四散逃命，根本沒人聽指揮。”司馬元顯頓時沉默下來，對於這點，親自
未經過統一訓練的軍隊，並不會忠於主帥，因爲大部分士兵不識字，口音也南北有別，數萬雜牌軍，面對兩千北府軍重甲鐵騎一衝，絕對會直接崩潰，若無自己的軍隊，便是日後稱帝，早晚也會死於桓玄或劉牢之等人手中。
“尚之你回營好好休息一下，咱重頭再來。”司馬元顯忽然溫和起來，司馬尚之鬆了口氣，出帳而去。
“報......”一名斥喉匆匆進帳，將一封書信遞給司馬元顯，司馬元顯打開書信略略一看，立刻跳了起來，大叫：“米賊要劫王老賊？”一生氣，臉上搽的香粉一層層掉落，露出一臉腥腥紅斑。
“將軍，如今咱正面對荊州聯軍，建康城中可不能有亂。”參軍張法順立刻進言道：“王恭身份特殊，在士族中素有影響力，又是四路反師中的盟主，絕不能讓米教逆匪得手。”
“嘿嘿，好險好險，本將軍百密一疏，差點讓米賊得手。“司馬元顯抖了抖手中的信，說：“只是這封信是誰送來的呢？”
“將軍的意思是說，這封信是陌生人送來的？”張法順一臉愕然。
“是的，信尾未具名號。”司馬元顯又仔細看了看信，沉吟起來：“這信來的蹊蹺，會是誰送來的呢？消息會不會是假的呢？”
“將軍，此信不論真假，咱都要防着點。”
“本將軍有一計，不僅不用防着點兒，還可以將進城的米賊一網打盡。”司馬元顯聲音中透出冷酷和殘忍。
一日後，桓、殷聯軍出現在金陵山城牆外，圍而不攻，先派信使進金陵山面見司馬元顯，提出條件；
一、釋放王恭，並官復原職。
二、誅殺劉牢之以及相關親信黨羽。
司馬元顯針鋒相對，不僅不釋放王恭，反借安帝之名下旨：
王恭、庾楷、桓玄、殷仲堪四人共同謀反，其罪必誅，三日後，先在建康東集坊口驗明王恭正身，當衆斬首，待抓獲庾楷、桓玄、殷仲堪後，同樣斬首示衆，以正皇威。
安帝的旨意迅速在在建康九門、會稽郡、吳郡、吳興郡等城門口公開粘貼，並派宣詔使到金陵城外桓玄和殷仲堪的大營中下詔，數十年來，皇族第一次高調展示司馬氏的帝王威嚴。
據宣詔使回報，殷仲堪接到詔書後神色木然，手持拂塵，只說了一句；“知道了。”然後便如老僧入定，不肯多說一個字。
桓玄接到安帝詔書後，將詔書拿到太陽底下照了照，嬉皮笑臉的問了一句：“這詔書是真的嗎，會不會是假的？”然後派人將信使打的滾出營去，宣詔使返回金陵城後對司馬元顯哭訴道：“兩國交戰，不斬來使，桓玄真不是個人，竟將小人打瘸打傷......”
“桓胖子一家沒好東西，從他爹那輩就壞，到他這輩更壞，咱不和壞人一般見識。”司馬元顯望着一臉淚花的宣詔使，無可奈何的安慰了兩句，將宣詔使打發出帳。
見到城門的告示，建康祭酒牛聯社，迅速派人將安帝旨意稟報師君孫恩。
“王氏一族鼎盛時，曾有王與馬，共天下的說法，如今王廞不知所蹤，王恭將軍生死難測，真是世事難料。”高恩華一臉感嘆，又安撫司馬雪道：“公主休驚，天師諸修已準備妥當，不久便要動手救人。”
“如今一切的動亂，全是因爲司馬元顯的錯，他的野心太大了。”司馬雪憤憤道：“他想篡權奪位。”
“晉室好比一座山林，孝武帝就是原來山中老虎大王，雖然喜歡醉酒貪壞，將山林中、各家士族封一塊地盤兒，互不侵犯，都在湊合着過，百姓也跟着混個太平日子。可老虎大王突然病故”高恩華嘆道：“司馬元顯一名郡王想上位，名分不正，還要四處消滅覬覦山林大王的其他勢力，老百姓要跟着遭殃。”
“大叔。”司馬雪問道：“天師道的笨道士們，準備如何搭救王國舅，他們這麼蠢笨，我怎麼非常不放心呢？”
“公主，天師道的師君和長老們可不蠢笨，天師道建教數百年，在漢朝時便有之，內中蘊含的力量，實在不可小覷。”高恩華笑道：“此次爲了搭救王將軍，據聞還請來嶺南域外修士幫助行事。”
司馬雪心亂如麻，一方面不希望王恭被殺，另一方面，建康城在司馬雪心中屬於自己的家，如今竟要到家中去法場劫人，而且還帶着天師衆修，帶着域外之修，這中間的是非對錯，如何評說呢？