八月初二消息傳到北京，猶如一顆炸彈在紫禁城內炸開。同治帝看完奏報，大驚道：“謀刺重臣的事情，此是千年第一案。
最近的一件也只在唐朝元和十年的時候公元815年，丞相武元衡在早朝時爲盜所害。到現在已經一千多年了，今朝身邊又出此事，實在讓朕深爲駭異。”當即下旨：江寧將軍魁玉同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦。
慈禧更是先一步得到消息，她當天下午即將曾國藩與李鴻章召到儀鸞殿商量。慈禧太后坐在鸞座之上問道：“這事豈不甚奇”曾國藩何樣機敏因爲事涉自己原任的兩江之地，曾國藩急忙誠惶誠恐地回答：“這事很奇。”卻不敢再說什麼。
清廷先命江寧將軍魁玉會同兩江“嚴訊”，“務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞”。魁玉等復奏：“兇犯直認行刺不諱，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐”。
後慈禧太后又以五百里加緊的上諭，指派漕運總督張之萬張之洞的哥哥“馳赴江寧，會同熬審”同時調直隸總督曾國藩接任兩江總督主審此案，12月再加派刑部尚書鄭敦謹以軟差大臣身份馳赴江寧複審。
就這樣幾派欽差重臣，折騰了大半年，到1871年3月14日，曾國藩、鄭敦謹聯銜上奏，以“漏網髮匪逆黨挾恨復仇”具結該案，刺客張文祥被處凌遲極刑，並剖心致祭馬新貽。一件大案至此，似乎已成定驗。然而，參審官員事後的種種異常表現，卻令人覺得此案結猶未結，另有不能道破的隱情。
首先是參與會審的兩位馬新貽親信江寧布政使孫衣言、營務處總辦袁保慶袁世凱的叔叔，後過繼爲其子都拒絕在奏結上簽字“書諾”，也就是不承認審訊的結果。
孫衣言更把質疑寫到了馬新貽的墓誌銘上：“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷用重典，使天下有所畏懼，而獄已具且奏，衣言遂不書諾。嗚呼衣言之所以力爭，亦豈獨爲公一人也哉”直指供詞不實，忿忿不滿之情溢於言表。
他這個時候才明白，自己的靠山一死，湘軍集團上下對於他的態度，原來馬新貽在時，整個湘軍集團對於他或者馬新貽都是不冷不熱的，如今更是冷眼相加，更談不上配合查案了，而張文祥對他更是嗤之以鼻，也難怪他忿忿不平。
其次，欽差大臣鄭敦謹審結出奏之後，不等朝廷答覆，就匆匆離開江寧；未及回京覆命，就中途稱病辭官回家。按清制，欽差不回京覆命是要受處分的。而鄭竟然置之不理，不免令人詫異。
鄭敦謹翰林出身，先後任左都御史、刑部尚書相當於今日的最高監察長官和司法部長，因爲辦案鐵面無私贏得“鄭青天”之名。
他在離開江寧之日，對曾國藩按官場禮節致送的程儀送別禮金拒而不納，如此不給面子的舉動，是不是要表示對與曾國藩會審結果的不滿而鄭辭官後終身不復出仕，又是什麼樣的原因讓他心灰意冷
冷眼人不難看出這其中的貓膩，如果說刺馬案跟湘軍集團沒有任何瓜葛這話估計沒有一個人相信，更何況曾國藩雖然不在，但湘軍真正的統帥曾國荃始終對此不發表任何意見和態度。
“刺馬案”之所以被列入清末四大奇案，一個是因爲馬新貽作爲兩江總督的高級官場身份；另一個是因爲這個案子背後隱藏的巨大政治軍事祕密朝野都認爲曾國藩平定太平軍攻陷天京後，收繳了洪秀全的全部金銀，但所上繳朝廷的數額卻非常少。
曾國藩此時等於背了黑鍋，他的所獲實在是不多，但這事情等於黃泥巴掉到了褲~襠裏不是屎也是屎了，曾國藩有苦說不出，這顯然是有人泄露了他的那些非常隱祕的事情，這讓他非常憤怒，現在消除朝廷對他的猜忌纔是重中之重。
可是這又那裏是那麼容易的別的不說他的湘軍就是一個口實，所以他對於朝廷要裁撤湘軍的意見是全力配合和支持，但當時湘軍勢力強大，更有傳言曾國藩有野心，於是慈僖太后先把曾國藩調離江寧。
接着召見過馬新貽，升其爲兩江總督，之後馬便在其密旨的授權
下開始了對湘軍的財政調查。就在馬新貽即將把太平天國財富去向弄清楚的時候，“刺馬”案突然發生。
第一、湘軍自186~4年攻下太平天國首都“天京”也就是江寧，今南京後，就視兩江爲自己的地盤。但朝廷卻不容湘軍坐大，1868年把曾國藩由兩江總督調任天子腳下的直隸總督，派不屬湘軍系統的馬新貽繼任，並落實裁撤湘軍。
其時馬新貽不過47歲，資望既淺，又無顯赫軍功。純是朝廷爲了制衡湘軍勢力培養出來的政治新貴，湘軍中人，如何容得下這根“眼中釘”
第二、幾萬湘軍士卒被裁撤後，其中不乏將領。這些人並不回鄉務農，而是到處遊蕩擄掠，有些人蔘加了“哥老會”又稱“袍哥”，源於四川，是近代中國活躍於長江流域，聲勢和影響都很大的一個祕密結社組織，傳說中是“天地會”的分支，這樣就擴大了黑勢力，成爲社會的一大公害。
馬新貽在懲治散兵遊勇時非常嚴厲，尤其是他任命以剽悍著稱的袁保慶爲營務處總辦，抓到爲害百姓的散兵遊勇即就地~正~法。散兵遊勇對他恨之入骨。
第三、有聞馬新貽奉有慈禧太后密旨，要他追查太平天國寶藏下落。太平天國在天京經營十年，積聚金銀財寶無數。清廷本指望在攻克天京後，以這筆財富填補歷經十多年內外征戰空虛已久的國庫。
豈料天京在被湘軍“九帥”曾國荃率軍圍困四十餘天陷落後，這筆財寶卻不翼而飛。有傳聞指曾國荃攻進天京後，縱兵將天王府搶劫一空，然後一火焚之。
事後，湘軍中人多有回鄉購田置地，大起豪宅的。當時朝廷曾讓時任兩江總督的曾國藩查報太平天國國庫的下落，曾國藩卻只對以天王府已被大火焚燬，瓦礫全無。而馬新貽要調查此事，不被殺人滅口才怪。
馬新貽被刺後，執掌朝政的慈禧太后和恭親王顯然看出了一些端倪，急調湘軍老祖宗曾國藩回兩江坐鎮，以防局面變壞。但曾國藩態度卻很奇怪，兩度上折稱病請辭江督。
當時在直隸總督任上的曾國藩正爲辦理“天津教案”焦頭爛額，國人責他媚外，洋人責他懲辦不力。
如能調任江督，正可順理成章脫離這個裏外不是人的尷尬境地，而曾國藩竟想賴在天津不走，除非他認爲，“刺馬案”比“天津教案”更麻煩，更尷尬。
雖然曾國藩屢辭不獲之下，又受了朝廷幾頂誇他“老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜”等高帽，不得不勉強赴任，卻是一路拖延。抵達江寧後，每天不過會客看書，也並不急着審案。
而後來在與鄭敦謹共同審案的過程中，曾國藩又往往沉默寡言，極少發問。鄭敦謹進行了將近半個月的審訊後，曾國藩不過是淡淡的提示鄭敦謹，恐怕案子還得象以前那樣奏結。曾國藩的消極態度中有什麼樣的隱情，耐人尋味。
最終，因曾國藩一個“實無指使別情”的奏片，朝廷中止了追求“刺馬”案真相的努力。這句話雖是“此地無銀三百兩”，但出自勳高柱石的曾國藩，力量非同小可，無非告訴朝中軍機大臣：不要再問了，問下去就沒什麼好結果了。
自始至終，可以說朝廷一直力主“刺馬”案另有主使，並且不斷降旨以推動審訊工作，前後參加審訊的官員多達五十餘人。
但直到最終，也沒有審出幕後主使，朝廷迫不得已接受了審訊結果，只有以死後哀榮來安撫馬家後人，上諭賞加馬新貽太子太保銜，照總督陣亡例賜卹，入祀賢良祠，列國史傳，並賜諡號“端愍”，意思是爲官清正，死得可惜。
其子馬毓楨加恩賞給主事，分刑部學習行走。其後代子子孫孫可世襲“騎都尉兼雲騎尉”的職位。又令在馬新貽曾經爲官的江寧、廬州等地及其家鄉荷澤建立專祠，春秋官爲之致祭。這些恩賜總算仁至義盡。
坊間傳聞四起，說什麼的都有，有說張文祥其實是反清義士。曾經是跟隨太平天國的一些小組織小勢力裏的人，殺馬新貽乃是殺身成仁的壯舉，有說馬新貽在江寧斂奪財物，搶了張文祥家的祖宅，更有桃色的說法，說是張文祥的嬌妻被馬新貽所搶總之說什麼的都有，社會上傳的一片烏煙瘴氣。