歷史上對馬新貽的評價比較客觀，馬新貽，字谷山，號燕門，別號鐵舫，回族，山東菏澤東北五十里馬海村人，生於1821年清道光元年，道光二十七年1847年進士，先任安徽建平今郎溪縣知縣，再任合肥縣知縣，廬州府知府，升任安徽按察使俗稱臬臺，再升安徽布政使俗稱藩臺，後升浙江巡撫俗稱撫臺，成爲一省行政長官。
同治六年1867年升任閩浙總督俗稱制臺、制軍，成爲節制浙江、福建兩省軍政的方面大員，同治七1868年年，改任兩江總督，節制安徽、江蘇、江西三省軍政事務，併兼辦理通商事務大臣虛銜，官居一品。
同治九年七月廿六日1870年8月22日在督府側門被張汶祥以利刃刺入右脅，次日隕命。在歷史上，馬新貽還算是有一點兒政績的，在任上廢除了一些無名之費擾民陋規，懲治湘軍遊勇，打擊海盜，興修水利等。
太平天國在南方縱~橫十餘年，積累了大量的金銀財寶，大部分囤積在天京。湘軍攻破天京，這些金銀財寶被湘軍搶掠一空，自曾國荃以下，人人發了大財，回鄉買田宅，置產業，國人側目。
清政府令時任兩江總督的曾國藩查報太平天國留下的金銀財寶，曾國藩上奏說，破天京時，天王府一場大火燒得片瓦無存，沒有留下什麼財寶。對此清廷心存疑慮，很想查清，又不敢得罪湘軍集團，處於兩難境地。
馬新貽是文官出身，不懂軍務，但以做事精明幹練著稱。清廷把曾國藩從兩江總督任上調開，去任直隸總督，遠離他的老窩，換馬新貽任兩江總督，去一方之霸，安排一個忠介文官，這恐怕是老謀深算的慈禧太后的一手高招。
慈禧太后用馬新貽爲兩江總督，有沒有令其查證曾氏兄弟及湘軍集團之劣跡、追查太平天國金銀財寶下落的密旨呢對這個問題，縱然沒有找到確切證據，但也有蛛絲馬跡可尋。
這其中，馬新貽實授閩浙總督，在進京陛見請訓時，曾先後十餘次被召見，最後一次是慈禧太后在養心殿住處召見。
召見後馬新貽退出來，時值六月，馬新貽大汗淋漓，朝服都被浸溼，滿面驚恐。據馬新貽的後人說，慈禧太后授以密旨，要其密查太平天國金銀財寶下落。馬新貽深知此事極爲重大，極爲兇險，故此失態。
按說方面大員第一次進京陛見，理應到處拜見高官、京官，疲於應酬。可是馬新貽在最後一次召見後匆匆離京，回鄉祭祖去了，這是有違常理的，除有重大事務，不會這樣行事。
馬新貽離京回鄉時，清廷尚未發出其改任兩江總督的上諭，馬新貽顯然已經知道他要改任兩江總督的信息，因爲作爲閩浙總督是沒辦法查的。
據馬新貽的後人說，馬新貽回鄉祭祖假滿啓程前，將其兩位兄長招到祕室，反覆叮囑：“我此行吉凶難料，萬一有不測，你們萬萬不得赴京告狀，忍氣吞聲，方可自保。”兩兄聞言驚恐萬狀，也不敢向家人透露半分。
再有，馬新貽任兩江總督兩年，幹了許多實事，可能最爲關鍵的一點是暗中查湘軍的的賬目，這可是觸怒了很多人，但如何查的案，無據可查。
其間清廷大裁軍，湘軍被迫裁軍數萬，裁下的湘軍官兵並未回湘，原在湘軍中“哥佬會”大行，裁下後就變成了地方上的黑勢力，與湘軍、官府勾結，無惡不作，給社會帶來不穩。馬新貽鎮~壓了一批地方黑勢力，打擊了湘軍的“地方別動隊”。
同治九年七月廿六日1870年8月22日，馬新貽例行閱軍，在督府右箭道檢閱射箭。閱畢，走側門步行回督府。前有數名巡捕開道，後有武弁、兵丁簇擁，而刺客馬汶祥從旁邊突然衝出，直撲馬新貽。
馬新貽右脅中刀，即倒下，被迅速擡入督府，次日傷重不治。張汶祥刺馬後並未趁亂逃走，即被拿下。
張汶祥口中不停地叫喊：“養兵千日，用兵一時。”“有來有去。”“大丈夫一人做事一人當。”“二十年後又是一條好漢。”
而張文祥喊的這幾句話，明顯讓人摸不清頭腦，相互之間也沒有關聯，唯獨那句“有來有去”到讓人浮想聯翩，社會上的傳言也是
馬新貽被刺，幾天後清廷發出上諭：“亟須嚴行訊究，即箸魁玉督同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法嚴辦。”
江寧將軍魁玉會同藩臺梅啓照等人審訊刺客張汶祥。幾天後，又加派漕運總督張之萬參與審訊。
此數人藉口案情重大，拖拉時日，也不對刺客用刑，藉口是：“案情重大，徒事刑求，倘未正典刑而庾死，誰任其咎”
最後魁玉、張之萬上奏說：“張汶祥矢口不移其供，只是因私對馬心懷憤恨，爲同夥報仇，爲自己泄憤，無另有主使各情，尚屬可信。”並以此擬定罪名結案。
這裏面明顯有敷衍之相，魁玉和梅啓照久在江寧，甚至這裏面的利害關係，但張之萬是漕運總督，這可是一個在肥缺之上幹了多年的老官油子，又豈會輕易的在別人的地盤上觸人家的黴頭
而清廷也並不相信魁玉、張之萬的“擬定罪名”，即諭令曾國藩火速回任兩江總督，並加派刑部尚書鄭敦謹爲欽差大臣，攜帶刑部兩名郎中即滿人郎中伊勒通阿、漢人郎中顏士璋即刻赴江寧複審。
曾國藩接旨後深感爲難，此事他事都想撇清的老狐狸堅辭再任兩江總督，並上奏以病體請求開缺養病。清廷不予批准，諭令儘快赴任，但曾國藩遲遲不動，拖延近三個月纔到江寧接任。
其實曾國藩心裏很清楚，清廷似乎已經覺察到這個案件中曾國荃在裏面起的作用，但此人與曾國藩不同，要想壓服他可不容易，深思熟慮之後，慈禧也只能使用曾國藩來壓制那些湘軍舊部以及曾國荃。
而鄭敦謹是刑部主官，素來有“鐵面無私”的稱號。他受命時正值隆冬季節，大雪阻隔，車馬不能行，鄭即與兩個郎中徒步踏雪而行，趕赴江寧，行程四十一天，大年初一方到江寧，第二天就關門審案。
鄭的本意也想查個水落石出，也不枉其“鐵面無私”的稱號。審了幾日，張汶祥並不改口，曾國藩坐在一旁只聽不言。鄭敦謹滿腹疑惑，私下問曾有何看法，曾國藩淡淡地說：“看來只好照魁、張原奏之法奏結此案。”
鄭敦謹聽後恍然頓悟，明白此案是不能再深究了。於是即按魁、張原奏之法奏結，仍按原擬罪名定案。
參審的江蘇候補道孫衣言、山東候補道袁保慶對此極爲不滿，當面質問鄭敦謹，鄭說：“萬一審出是某某人主使，某某軍隊是後臺，此案如何了局”結案奏章須所有參審人員一一“書諾”即認可並願意負責，孫衣言、袁保慶堅決不“書諾”。
結案奏章以四百里加急進京，未等聖旨下達，鄭敦謹即攜兩個郎中離開江寧。曾國藩依例奉上“程儀”，鄭分文未取，兩個郎中各受紋銀500兩。
行至清江，鄭敦謹打發兩個郎中回京交旨，自己寫奏摺稱病不能任職，請求開缺。清廷不允，給假兩個月養病。
鄭敦謹自行棄官回鄉，終生不再爲官。鄭青天何嘗不知道其中的厲害，但做了違心之事也讓他心中慚愧，永不致仕也是一種心中愧疚的表現。
刑部兩個郎中回京後不久就悄然離京，漢郎中顏士璋被放蘭州知府然而並無實缺，貧困潦倒，西北大帥左宗棠出身湘軍，深知其中黑幕，對顏無辜受過十分同情，令其軍中幫辦。滿郎中伊勒通阿“給全俸以養天年”，回老家去了。
最後，江蘇候補道孫衣言，性情耿直，文筆老辣，山東候補道袁保慶，嫉惡如仇，言辭犀利，兩人候補數年均未得實缺，十分落魄。
馬新貽到任後知道了孫、袁二人的才幹，點名保奏要孫、袁到督府任職，成爲馬新貽的左右手，號稱馬新貽的一支筆、一張嘴。
馬新貽死後，孫衣言應邀爲其撰寫神道碑銘，慷慨激昂，直書胸臆：“..賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼衣言之所以奮其愚憨爲公力爭，亦豈獨爲公一人也哉”
此文一出，震驚朝野，輿論大譁，就連慈禧太后也明白其中大有隱情。然而，清廷不會爲了一個死去的人，甘冒激變地方勢力、動搖大清江山的風險。斯人已經做古。就讓他去吧。
慈禧在此事之後也仰天長嘆，這件事也造成了事後李鴻章的崛起，她知道，曾國藩和湘軍是不能再用了