作爲森田療法的創始人，森田正馬早年飽受神經症的折磨，這些經歷給他後來創立森田療法提供了很好的啓示。
森田正馬認爲，我們每個人都會關心自己的身體狀況，這是一種人類本性中生存慾望的表現，即每個人都有強烈的活着的慾望。人的生存欲包括：希望自己身體健康，希望被別人尊重，生活得更美好，努力追求知識的慾望，希望自己成爲一個偉大的幸福的人，希望自己不停地向上發展……
然而，當這些生存欲很強時，可能就會引起心理、情緒上的不穩定，甚至會患心理疾病。而且，過高的生存慾望，往往伴隨着對死亡的恐懼。例如：過高的成功慾望，同時會產生對失敗的恐懼；過強保持健康的個體，會伴隨着對疾病的恐懼。
按照森田正馬的觀點，人之所以會產生種種精神衝突、苦惱，其根源在於思想的矛盾。這種矛盾，是人們思想中的慾望與實際情形相反時產生的矛盾。
正如森田正馬所說：“所謂思想矛盾，是我對‘但願如此’、‘必須這樣’的思想願望和實際情況，即預計的結果相反，因而發生了矛盾等情況暫定的說法。”他把這種現象稱爲“重在情感”現象。
針對思想矛盾，森田提出了“事實唯真”的觀點，意即“事實即是真理”，並以此作爲座右銘。在生活中，要順應自然，不要以自己的主觀想法去套客觀事物，認清任何客觀事物都有其自身的活動規律，包括每個人的感覺、情感、精神活動等。這些都是不以人的意志爲轉移的。
森田療法的治療原理是使患者通過自然的方式通向領悟之道。
森田認爲，當焦慮出現時，患者既想竭力迴避它，又過多地集中關注它。結果，患者越是過多地集中關注他的焦慮，就變得越敏感，從而形成惡性循環。森田把這一動力過程稱爲“精神交互作用”。在這種精神交互作用的影響下，患者就用身體或軀體的症狀來表現他的焦慮。
他認爲，神經症並非由患者的體質狀況所引起的，而是由於患者過多地注意自己而產生的結果。患者越是關心自己，症狀就越嚴重。對於這些情況，最好的方法就是順其自然，慢慢地理順自己的問題。如果在治療期間讓患者“保持原狀，聽其自然”，不爲自我感受所擾，那麼這種自我感受便會自生自滅。
（1）順應自然。森田認爲，要達到治療目的，說理是徒勞的。單靠理智上的理解是不行的，只有在感情上實際體驗到纔能有所改變。而人的感情變化有它的規律，注意力越集中，情感越加強；聽其自然不予理睬，反而逐漸消退；在同一感覺下習慣了，情感即變得遲鈍；對患者的苦悶、煩惱情緒不加勸慰，任其發展到頂點，也就不再感到苦悶、煩惱了。因此，要求患者對症狀首先要承認現實，不必強求改變，而是要順其自然。
（2）爲所當爲。森田療法把與人相關的事物劃分爲兩大類：可控制的事物和不可控制的事物。所謂可控制的事物，是指個人通過自己的主觀意志可以調控、改變的事物；而不可控制的事物，是指個人主觀意志不能決定的事物。森田療法要求神經質症患者通過治療，以學習順應自然的態度，不去控制不可控制之事，如人的情感，但還是注意爲所當爲，即控制那些可以控制之事，如人的行動。總體來說，“爲所當爲”是指在順應自然的態度指導下的行動，是對順應自然治療原則的充實。
森田療法認爲，改變患者的症狀，一方面，要對症狀採取順應自然的態度；另一方面，還要隨着本來有的生的慾望，去做應該做的事情，通常症狀不會即刻消失，在症狀仍存在的情況下，儘管痛苦也要接受，把注意力及能量投向自己生活中有確定意義且能見成效的事情上，努力做應做之事；把注意力集中在行動上，任憑症狀起伏，都有助於打破精神交互作用，逐步建立起從症狀中解脫出來的信心。這樣，就打破了過去那種精神束縛行動的模式。