1864年8月28日，曾國藩自安慶乘船抵達金陵。
曾國荃甫見，迅即私語：東南半壁無主，兄有意乎？
曾國藩道：爾口吐狂言，荒唐之極！孰人攛掇？
曾國荃笑曰：擒獲賊首李秀成，吾叱勇割其臂股，血汩汩涌出；忠酋無一絲痛狀；斥曰：各爲其主，此又何苦。又曰：倘有生機，甘願招降舊部，附我等麾下，前鋒殺妖，匡扶漢家朝堂。
曾國藩道：弟無腦乎？焉能被人蠱惑，如此輕於去就！惠甫、曉岑何在？
少頃，趙烈文、歐陽兆熊至。
曾國藩怒氣未息，將曾國荃言語委婉托出。
趙烈文道：忠酋出爾反爾，只爲脫身耳！三國蜀滅，姜維反間復國，功虧不只一簣，大勢定矣。
歐陽兆熊道：金陵城克，大功成矣，意中事也，可喜也。顧所以善其後者，於國如何？於民如何？於家如何？於身如何？必籌之已熟，圖之已預矣。
曾國藩道：惠甫、曉岑二兄訴之有據，言之有理，沅弟切不可再存此滅門誅族之念。當下最緊要之事有三，一、金陵城內是否有海量金銀？二、洪逆屍首是否確認，是其真身？三、僞幼天王當真自焚，尋得屍首否？
曾國荃道：多方辨認，確乃洪逆屍身；僞幼天王活不見人死未見屍；金陵城內確有金銀，亦確被麾下搶掠一空。
曾國藩嘆曰：我若兩宮，必治爾欺君罔上之罪。惠甫兄與忠酋相談良久，可有斬獲？
趙烈文道：啓稟滌帥，忠酋之將死，無非圖延旦夕之一命，滌帥問訊便知。
曾國藩至秀成關押處，觀其慘狀，心生憐憫，道：舍弟一介武夫，尚望海涵。
秀成心自生暖，悽然道：囹圄之徒，刀俎之肉，中堂何須海涵！
曾國藩道：造化弄人，爾我勢不兩立；然各爲其主，不得不爲。爾我皆爲通情達理之人，我亦不願爲難與爾，旬日之間，爾之天國毀滅，爾即生離死別，此冰火之兩重天地，十餘年來，復重複復重，爾無憾乎？
秀成道：十五年來，天國之得與失，天朝之功與過，吾將羅列記述，以供後人觀瞻。中堂觀之，若有驅韃之心，吾今生無憾矣！
曾國藩道：人生世事，蒼狗白雲，如此而已，吾靜待爾供。
秀成道：中堂情深意重，仁愛、德化之心，李某銘記不忘；今世已誤，來生再報。
出了囚室，曾國藩道：惠甫何意？
趙烈文：生擒已十餘日，衆目共睹，且經中堂問訊，當無人復疑，而此賊甚狡，不宜使入都。錄供完畢，就地正法。
曾國藩道：國法難綰，不能開脫；李乃忠義之人，誤入歧途久矣！毋須凌遲，斬首示衆，厚葬其身。
8月30日，兩宮諭旨終至金陵。
曾國藩荃曰：粵寇之據金陵也，文宗顯皇帝金口許諾，謂有能克復金陵者可封郡王。兩宮食其言也。
是日，曾國藩奏曰：李秀成之就擒也，各營之降卒，，附城之軍民，人人皆識，觀者如堵。臣二十五日甫至金陵，親訊一次，令寫親供，多至數萬字，敘發逆之始末，述忠酋之戰事，甚爲詳細。又力勸官兵不宜專殺兩廣之人，恐粵賊愈孤，逆黨愈固，軍事仍無了日。其言頗有可採。
日來在事文武，皆請將李秀成檻送京師，即洋人戈登等來賀者，亦以忠逆解京爲快。
臣竊以聖朝天威，滅此小丑，除僭號之洪秀全外，其餘皆可不必獻俘；李秀成自知無可赦，在途或不食而死，或奪路而逃，或爲餘賊強劫，均爲隱然巨患。
詢問李秀成權術要結，頗得民心。城破後，竄逃鄉間，鄉民憐而匿之。蕭孚泗生擒李逆之後，鄉民竟將親兵王三清捉去，殺而投諸水中，若代李逆報私忿者。李秀成既入囚籠，次日又擒僞松王陳德風到營，一見李逆，即長跪請安。
臣聞此二端，惡其民心之未去，黨羽之尚堅，即決計就地正法，遂於初六日執行。
僞天王兩兄，雖據李秀成供，在賊中暴虐專權，而如醉如癡，口稱天父不絕，無供可錄。因其抱病甚重，已於初四日先行處死矣。
又欽奉諭旨：洪秀全屍身覓獲後，銼屍梟示，仍傳首於被害地方，以雪衆恨。欽此。
臣細觀洪逆屍身，遍身皆用繡龍黃緞包裹，纏腳亦系龍緞，頭禿無發，須尚存，已間白，左股右膀肉猶未脫，乃戮屍，舉烈火焚之；殘骨摻與火藥彈中，開炮轟於天際。
有僞宮婢者，系道州黃姓女子，即手埋逆屍者也。臣親加訊問，據供，洪秀全生前，經年不見臣僚，四月二十七日因官軍攻急，服毒身死，祕不發喪。而城裏羣賊，城外官兵，宣傳已遍，十餘日後始行宣佈。
所有僞玉璽二方，金印一方，臣當專差奉送軍機處，俾方略館有所考焉。
歷年以來，中外紛傳，逆賊之富，金銀如海，乃克復老巢，而全無財貨，實出微臣意計之外，亦爲從來罕聞之事。目下籌辦事宜，需銀甚急，爲款甚巨，如撫卹災民，修理城垣，駐防滿營，皆善後之大端。其餘百緒繁興，左支右絀，欣喜之餘，翻增焦灼。
慈禧太后接奏，怒曰：金陵全無財貨，曾氏兄弟欺君罔上，信口雌黃。
恭親王奕忻道：事不宜遲，速速密諭官文、僧格林沁、福明阿、李昭壽等早爲預備。
慈安太后道：牽一髮而動全局，此萬萬不可！金陵雖克，餘孽未盡，財散人聚，且觀曾氏作爲。
慈禧太后道：先發傷人皮毛，後發制其死地！殺人須誅心，殺雞爲駭猴，此事不宜遲，速發上諭：逆擄金銀，朝廷本不必利其所有，今據奏稱，城內並無賊庫，自系實在情形。惟帑藏空虛，兵餉匱竭，而善後應辦之事尚多，應如何籌策萬全之處，該大臣仍當悉心經畫。