國藩行前，再召直隸總督李鴻章，道：天津教案、江馬遇刺、左公剿茴三事併發，少荃以爲，孰爲緊要？
李鴻章道：啓稟恩師，天津教案，恩師業已釐定是非，少荃只須蕭規曹隨，賺一便宜。兩江地大物博，恩師至，一切迎刃而解。惟西疆邊陲，已被賊匪阿古柏侵佔五載；英、俄二夷，攛掇其後，亦是虎視眈眈。然甘隴之茴亂，左公久拖不決；鴻章以爲，長此以往，西疆凶多吉少。
曾國藩道：少荃差矣！左宗棠在，西疆無恙。左宗棠督兵十載，竟無一絲一毫之貪跡；爲國盡忠，以左宗棠爲冠，大清國幸有左宗棠也。
李鴻章道：惟此次西北剿匪，左公甚是踟躕。
曾國藩道：兵馬未動糧草先行，左部糧餉不繼，徒乎奈何！論兵戰，吾不如左宗棠；當今世上，兵戰造詣，超越左宗棠者，寥寥無幾。劉銘傳後來居上，亦乃曠世難逢之帥才，然其不甘人下，故易退難進。
李鴻章道：恩師所言極是，劉省三兵戰得方，恃才而傲，愈發桀驁不馴。吾必再行督催，促其砥礪奮進。劉部現置無事之地，徒耗光陰，恩師可否言說一二，調其於左公麾下，以效死力。
曾國藩道：不可！人以羣聚物以類分，左宗棠平生惟一信服之人，胡林翼也；二公縱談闊步，氣豪萬夫，狂謂世人皆無才；縱如駱秉章者，左宗棠尚且以傀儡呼之。劉省三才氣無雙，然性情孤傲；左、劉共處，冰火不相容也。再者，世上哪有什麼功蓋天下而主不疑位極人臣而衆不嫉，爾與左彼此相輕、互相制衡，方可相安無事；倘若擰作一股，禍患自生。
李鴻章道：恩師金玉良言，鴻章必當銘記。
曾國藩道：當初金陵得克，吾擅裁湘勇，本意將心傾付明月；奈何五六年來，備受挫辱；吾十萬湘楚健兒今若雄峙江表，安有江馬遇刺之齷齪事情。鳥盡弓藏兔死狗烹，自古一理；吾湘之前車，爾淮之後轍也。
1870年12月12日，曾國藩遊移三月，終抵金陵，赴任首日，怒斥安徽學政殷兆鏞：爾主持鄉試，妄以《若刺褐夫》做題，蠱惑學子，詆譭疆圻重臣，爾知罪乎？
殷兆鏞道：鄉試事關國家人才選拔，萬千諸事，皆可作題，卑職決無影射之意，懇請曾大人明鑑。
曾國藩道；視刺萬乘之君，若刺褐夫！刺殺王侯將相，如刺殺一布衣白丁；爾借題發揮，誤人子弟，實屬可恨！待吾奏請聖上，褫爾職治爾罪，看爾如何逍遙。速傳本督令，即日起，有關前馬督遇刺一案，無有確鑿證據，膽敢再言漁色負友、通茴賣國、買兇行刺者，嚴懲不怠！
曾國藩道：平心而論，馬新貽確屬良吏能臣。於公於私，吾應秉公辦案，爲馬大人昭雪沉冤。然此案玄機重重，一着不慎，兵燹復起於江南。
梅啓照道：恩師所言極是，滿將魁玉、漕督張之萬隱而不發，亦爲此故。
曾國藩道：想當年，發、捻交乘，馬新貽追隨袁甲三，力保臨淮，堅守蒙城，厥功甚偉；爾後擢任督撫，持躬清慎，治防井井，所在有聲。然近年以來，其卻不諳時務，一味標新立異；《周易》革卦曰：大人虎變，小人革面，君子豹變；馬大人之君子豹變，終不敵仇家挾嫌報復也。
梅啓照道：恩師高見，恩師一錘定音，江南復熙熙而攘攘，吾大清之福也。
曾國藩道：江案錯綜複雜，二滿漢重臣半年不得其解，吾何許人也，安敢一錘定音！世間萬事自有因果報應，筱巖兄且隨吾漫步江南，靜候兩宮訓示。
曾國藩赴任月餘，杳無確音，慈禧太后心憂。
太常寺少卿王家碧上疏：江蘇巡撫丁日昌之子被案，應規馬新貽查辦，請託不行，致有此變。
恭親王奕訢怒斥王家碧牽強附會。
慈禧太后道：前兩江總督馬新貽遇刺一案，熬審半載，並無確音，坊間卻有漁色負友、通茴賣國、買兇行刺、挾嫌報復四音聒噪。煌煌大國，如此任由謠傳，成何體統！務必遴選一得力大員，會同曾國藩，周密審辦，儘早結案。
奕訢道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后，刑部尚書鄭敦謹清廉公正，升堂斷案無不精通；鄭至江南，大有裨益。
慈禧太后道：速傳諭旨，着再派鄭敦謹馳驛前往江寧，會同曾國藩將全案人證，詳細研鞫，究出實在情形，從嚴懲辦，以申國法。鄭敦謹隨帶司員，刑部滿郎中伊勒通阿、刑部漢郎中顏士璋，着一併馳驛，與候補道孫衣言、袁保慶一道，鹹與會審。鄭敦謹南下之前，務必進宮陛見。
1871年1月7日，刑部尚書鄭敦謹應召入宮。
慈禧太后道：馬督遇刺一案，能否究出實在情形，得一確音，嚴懲兇犯，祭奠亡人，銷案歸檔。
鄭敦謹道：啓稟皇上、母后皇太后、聖母皇太后，微臣必當明察秋毫，早日理清此案。