2月18日，鄭敦謹抵達金陵，連訊十四日，無果。
是日，馬新貽之子馬毓楨叩訪跪拜，且道：家父絕無漁色負友之事情，尚望鄭大人爲家父洗脫不白之冤。
鄭敦謹趕緊攙扶，道：馬賢侄快快請起，傳言漏洞百出，不值一哂。同治四年，馬新貽大人擢升浙江巡撫，人已離徽，何有與張汶祥、曹二虎結拜一說！賢侄以爲，馬大人遇刺，何人主使？
馬毓楨環顧左右，欲言又止。
鄭敦謹屏退左右，道：滿將魁玉、漕督張之萬、前直督曾國藩前審後繼，然皆不得確情，兩宮太后萬分惱怒，鄭某人縱有萬斤肝膽，亦不敢造次，賢侄不必顧慮，有話不妨直言。
馬毓楨方道：家父臨終，反覆叮嚀，萬不可赴京申冤告狀；忍氣吞聲，方能自保。
鄭敦謹道：馬大人或許已知幕後主使之人。
馬毓楨道：同治六年，家父由浙江巡撫升任閩浙總督，依例赴京陛見請訓，西宮太后十餘次召見，家父汗浸衣衫、面色蒼黃、不喜反憂；回鄉祭祖，更是戰戰兢兢；爾後赴閩，中途即被調補兩江，悠悠兩載，客死異鄉。
鄭敦謹道：馬大人上馬緝賊，下馬理政，辦事公勤，鹽政、河工、海防等無所不通，只可惜天不假年，僅積五十年之歲月。鄭某不才，煩請賢侄安心，鄭某必定秉公辦理，還馬大人一個公道。
鄭敦謹送別馬毓楨，急召刑部郎中顏士璋，道：吾已查得，馬總督遇刺，絕非私怨所致。馬總督亡故，惟一受益者，湘人也。其時，曾公正忙於處理天津教案，焦頭爛額、心力交瘁之際，或許無力兼顧兩江事情；再者，直隸、金陵相距千里，曾公即便發號施令，已是鞭長莫及；孰人敢冒天下之大韙，悍然而擊？
顏士璋道：人犯兇狡異常，堅不吐實，何不大刑伺候，棍棒交夾之下，孰人忍得？
鄭敦謹道：投鼠忌器矣！爾若主審，爾敢用刑乎？屈打成招，胡言亂語；抑或一擊斃命，天大之干係，爾我擔當不起。
顏士璋不再言語，悻悻而退。鄭敦謹愁思之際，江寧營務處總管袁保慶求見。
鄭敦謹趕緊道：快請！
袁保慶覲見禮畢，道：屬下有一事，稟報大人，或可解開馬新貽大人遇刺之謎團。
鄭敦謹道：快請講！
袁保慶道：天津教堂案發，洋人軍艦蜂擁而入，遊弋於天津海口；馬新貽大人奏請長江水師調防上海，以備不虞。六月二十五日，黃翼升接調防聖旨，六月二十六日，馬大人校場閱射遇刺。凡此種種，純屬巧合，其中並無因果關係，鄭大人信乎？
鄭敦謹嘆曰：風雲際會，因緣巧合，遐思無窮矣！
當夜，江寧將軍魁玉來訪，一番客套後，魁玉道：前兩江總督遇刺以後，三日之內，朝廷連下四道諭旨，其中三道明發，一道密諭安徽巡撫英翰，加強長江防務，防患兩江兵變。其中是非曲直，一目瞭然。
鄭敦謹道：既知其中是非，魁、張二大人何不秉公執法，爲朝廷消弭絕世之大患！
魁玉道：鄭大人說笑！吾乃愚鈍之人，力所不能及處，安敢逞強！張之萬大人更甚，坊間傳頌，漕帥出恭，警衛兩百精兵，已成笑談。
魁玉笑曰：即如此，只能而已矣！
魁玉別後，鄭敦謹連夜拜訪曾國藩。
國藩受寵若驚，親沏香茗，拱手相送。
鄭敦謹視若無睹，只道：前江督遇刺一案，曾大人何意？
曾國藩道：馬案牽扯甚廣，一着不慎，甚難收網。吾意，依葫蘆畫瓢，仍照魁、張二公原奏之法奏結。
鄭敦謹道：張汶祥曾從發逆，復通海盜，因馬新貽懲辦南田海盜，戮其夥盜甚多，因此挾仇報復。吾與曾大人、魁玉、張之萬等皆呈此論，兩宮徒呼奈何！
曾國藩道；復再提審人犯乎？
鄭敦謹道：口供俱全，且無翻供，不必多此一舉。
1871年3月19日，曾國藩、鄭敦謹聯銜上奏：臣等會同複審兇犯行刺緣由，請仍照原擬罪名及案內人犯按例分別定擬。案犯張汶祥聽受海盜指使並挾私怨行刺，實無另有主使及知情同謀之人。
該犯曾隨發逆打仗，又敢刺害兼圻大員，窮兇極惡，實屬情同叛逆，應按謀反大逆律問擬，擬以凌遲處死，摘心致祭。
候補道孫衣言原隸馬新貽麾下，雖參與會審，卻不敢多言，私謂好友顏士璋道：賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽，刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷，用重典，使天下有所畏懼。而獄已具且結，衣言遂不書諾。嗚呼！衣言之所以奮其愚戇爲馬公力爭，亦豈獨爲馬公一人也哉。
顏士璋道：刺馬案與湘軍有關，背後有大人物主使，吾等只可意會。刑部尚書鄭青天外慚清議內疚神明，聖旨未到，既欲別離金陵，問心有愧矣！
欽差大臣鄭敦謹不候聖裁，執意北上；曾國藩甚是難堪，屢屢好言相勸不得，依例奉送程儀五百。
鄭敦謹收納五百紋銀，亦不言謝，當即轉發顏士璋、伊勒通阿等，爾後登船啓碇，揚長而去。
曾國藩嘆曰：人曰吾殺賊功高，百戰餘生真福將；和戎罪大，早死三年是完人；吾積年清望幾於掃地以盡矣。京師湖南同鄉如鄭敦謹者，尤引爲鄉人之大恥也。
幕客趙烈文道：啓稟滌帥，鄭大人惱怒者，前馬督遇刺之案也！鄭青天之名，毀於此旦，安能不憤！
曾國藩道：鄭大人不諳國事，只究於細末，小肚雞腸也。駐直三載，愁憂無限。兩宮才地平常，見面無一要語；皇上沉默，無從測之；時局盡在軍機奕訢、文祥、寶鋆數人。恭親王極聰，但晃盪不能立足；文祥正派而規模狹隘，亦不知尋人輔佐；寶鋆忠厚有餘，但威望不足，根基尚淺。
趙烈文道：褀祥之變，兩宮只究首犯，爾後與恭親王共輔聖上，亦算君德隆盛；而今洋務四起，庶民有業，王朝漸趨中興，抽心一爛之說，吾癡人言夢矣，滌帥不必當真。
曾國藩道；惠甫勿打誑語，吾雖日夜望死，然卻憂慮生靈再遭塗炭。當務之急，西北茴亂未靖，新疆又被外人侵佔，吾今惟一可作之事，多籌糧餉物資，襄助左公成就西征大業。