欽差大臣崇厚尚未至俄，駐倭公使何如璋已接總理衙門飭令，何如璋不敢怠慢，速即照會倭國外務卿寺島宗則，聲言倭國阻止琉球朝貢，已違《中倭修好條規》不可侵越彼此所屬邦土之規定，倭國須待琉球以禮，琉球國一切必須遵循舊章，此後切勿再阻貢事，不做不信不義無情無理之事情。
寺島宗則接如璋照會，暴跳如雷，立曰：琉球五百年前既屬倭國，不信不義無情無理真乃荒謬暴言，清國公使非登門道歉不足以消弭事端。
如璋聞言，道：道個錘子！
如璋拒不道歉，倭國太政大臣三條實美亦怒曰：清國實乃無理取鬧，即日起，琉球必須停止朝貢清國，必須使用明治年號，必須遣人至京學法，必須實施藩制改革。此乃最後通牒，琉球王尚泰必須於2月3日之前做出答覆。
琉球國王尚泰接三條實美最後之通牒，稱病不起，拒不答覆。
明治再無遊移，立下詔書：琉球尚泰，冥頑不化，恃恩挾嫌，不恭使命；茲廢琉球藩，琉球文簿、資財充公；尚泰移居東京府下，賜以府邸。
1879年3月31日，倭國內務省書記官松田道之率警160名、兵400名，接管首裏城，改琉球藩爲沖繩縣。
恭親王奕訢聞悉，立即照會倭國駐華公使宍戶璣：倭國違背《中倭修好條規》第三條，所屬邦土以禮相待之規定，實乃蔑視中國。琉球自爲一國，已五百年之久，該國世受中國冊封，改國亦奉中國爲正朔，入貢中國於今亦數百年，天下之國所共知也。基於此，倭國必須將廢琉球爲郡縣之事速行停止，則兩國和好之誼由此益敦。
照會既發，倭國駐華公使宍戶璣亦接，然其支支吾吾，久無確音。
駐日公使何如璋密奏：非啓兵端無以止倭人之逆行。
軍機大臣沈桂芬道：啓稟皇太后，啓稟皇上，微臣以爲，勞師海上，易損國威。琉球，彈丸一彈丸耳！貢獻不足以益我之府庫也，人民不足以供我之役使也，版宇不足以衛我之藩籬也！
領班軍機大臣、恭親王奕訢道：啓稟皇太后，啓稟皇上，奴才以爲，若任琉球廢滅而不問，如國體何？如衆論何？
慈禧太后道：此事非同小可，速著各省督撫將軍，悉心協議倭人廢琉球設郡縣一事，限於月內覆奏；著直隸總督李鴻章，速即來京陛見。
督辦南洋海防兼理各國事務大臣丁日昌接旨，速即奏曰：琉球乃海外一彈丸耳，貢獻不足以益我之府庫也，人民不足以供我之役使也，版宇不足以衛我之藩籬也，徒以前代以來相沿朝貢，是以仍聽其載在職方，羈縻勿絕，並非該島於我國有詡戴之勞，我國家於該島有拱衛之助也。
微臣以爲，倭國甘冒滅小之名，此動機不在於琉球，其不過欲藉機與我開釁耳。我於海防尚未籌辦周備之前，似宜一意主和，內則迅籌戰備，外則虛與委蛇，不可存忽戰忽和之見。
4月中旬，直隸總督李鴻章入京覲見。
慈禧太后道：琉球國之事，當如何處置？
李鴻章道：啓稟皇太后，啓稟皇上，惜我無鐵甲船，但有二鐵甲，闖入琉球，倭必自退。
慈禧太后一聲嘆息，迅下諭旨：琉球外屬中國，倭國竟敢阻其入貢，夷爲郡縣，狡焉思逞，情殊叵測。亟應妥爲備豫，力圖自強，以固藩籬。著沈葆楨、吳元柄將南洋防守事宜悉心區畫，實力籌辦，固不可稍涉張皇，亦不得稍存大意。並著隨時探明該國情形，密速具奏。